La présence significative de l'islam à Besançon remonte à l'après-Seconde Guerre mondiale, et surtout à l'indépendance des pays du Maghreb. Avant cette époque, aucune source n'atteste de l'existence d'une communauté musulmane bisontine, bien que des soldats coloniaux aient été en garnison dans la région, de 1870 aux années 1920. La 1^re armée française, comprenant une grande partie de tirailleurs originaires des colonies françaises, s'est illustrée dans la région et a notamment libéré une partie du Doubs, du Territoire de Belfort et de l'Alsace en 1944-1945. Les coloniaux ayant survécu repartiront pour la plupart dans leur pays d'origine après la guerre, se disperseront un peu partout en France ou s'établiront dans la capitale comtoise.