Oprócz wskazanego problemu z ustaleniem momentu ujęcia korekt, kontrowersje wśród podatników budziły odpowiedzi organów na pytania, czy zwiększenia kosztów wynikające z przeliczenia uzyskanej rentowności mogą być zaliczone do kosztów podatkowych. Część organów prezentowała bowiem pogląd, że kwoty otrzymane w ramach korekty zwiększającej przychody będą stanowić przychody podatkowe (w dacie otrzymania środków), ale już kwoty wypłacone w ramach korekty zwiększającej koszty nie będą dla podatnika kosztem uzyskania przychodów. Pogląd, że korekty zwiększające koszty mogą obniżać podstawę opodatkowania uzyskał na szczęście aprobatę sądów (np. nieprawomocny wyrok WSA w Gdańsku z 28 marca 2018 r., I SA/Gd 194/18). W orzeczeniu tym słusznie podniesiono, iż nie do zaakceptowania jest prezentowana przez część organów podatkowych teza, że ,,środki przekazywane (...) w ramach tego samego mechanizmu korekty dochodowości raz będą związane z prowadzoną działalnością gospodarczą (gdy są »,in plus«), a raz tego związku będą pozbawione (gdy są »,in minus«)".