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Flashcard 4872055426316

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#knowledge-base-construction #machine-learning #unfinished
Question
Fonduer: In pro- duction, the finalized LFs are applied to the entire set of candidates, and [...] to generate the final KB
Answer
learning and inference are performed only once

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In practice, ap- proximately 20 iterations are adequate for our users to generate a sufficiently tuned set of labeling functions (see Section 6). In pro- duction, the finalized LFs are applied to the entire set of candidates, and learning and inference are performed only once to generate the final KB

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Flashcard 4886999731468

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#bert #knowledge-base-construction #nlp #unfinished
Question
We [...] in order to identify the locations of the two target entities and transfer the information into the BERT model.
Answer
insert special tokens before and after the target entities

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scheduled repetition interval               last repetition or drill

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We insert special tokens before and after the target entities before feeding the text to BERT for fine-tuning, in order to identify the locations of the two target entities and transfer the information into the BERT model.

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Flashcard 4896571133196

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#bert #knowledge-base-construction #nlp #unfinished
Question
R-BERT: Recently, deep neural networks have applied to relation classification. These methods usually use some [...] derived from lexical resources such as Word-Net or NLP tools such as dependency parsers and named entity rec- ognizers (NER).
Answer
features

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ave applied to relation classification (Socher et al., 2012; Zeng et al., 2014; Yu et al., 2014; dos Santos et al., 2015; Shen and Huang, 2016; Lee et al., 2019). These methods usually use some <span>features derived from lexical resources such as Word-Net or NLP tools such as dependency parsers and named entity rec- ognizers (NER). <span>

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Flashcard 4967599574284

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#knowledge-base-construction #machine-learning #unfinished
Question
Fonduer [...] of the converted PDFs with their original files.
Answer
aligns the word sequences

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Fonduer aligns the word sequences of the converted PDFs with their original files by checking if both their characters and number of repeated occurrences before the current word are the same.

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Flashcard 5007956643084

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#machine-learning #software-engineering #unfinished
Question
If testing, detecting errors and recovering from failures are difficult and costly, this adds to the technical debt of a system and make further innovation [...]
Answer
more costly.

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If testing, detecting errors and recovering from failures are difficult and costly, this adds to the technical debt of a system and make further innovation more costly.

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otites

  • Les ondes sonores sont acheminées par l'oreille externe, qui amplifie les aigus, jusqu'à la membrane tympanique.
    • Celle-ci, en vibrant, met en mouvement la chaîne des osselets qui transmet ces mouvements à l'oreille interne en ayant amplifié d'autres fréquences.

  • L'oreille peut donc être schématisée sous la forme de l'intersection d'un axe aérien pharyngo-oto-mastoïdien et d'un axe sensoriel dont le carrefour est la caisse du tympan

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otites

  • Chez les nourrissons, la trompe auditive est, anatomiquement, courte, béante et horizontale.
  • Sur le plan fonctionnel, elle est immature, ses mouvements d'ouverture-fermeture étant incoordonnés et moins efficaces.

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otites

Avec la croissance, la trompe d'Eustache s'allonge et prend une direction oblique en bas et en avant

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otites

  • L'OSM se définit comme un épanchement inflammatoire de l'oreille moyenne évoluant plus de 3 mois.

  • L'OSM est un phénomène multifactoriel, ce qui est illustré par l'existence d'au moins deux théories :
    • La théorie ex vacuo, mécaniste, expliquant l'épanchement par une dépression dans l'oreille moyenne qui entraînerait une transsudation au travers des capillaires de la muqueuse

    • La théorie inflammatoire, actuellement retenue, expliquant l'épanchement par des agressions virales ou bactériennes de la muqueuse générant la production d'un exsudat

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otites

  • Plusieurs facteurs de risque de survenue d'une OMA (ou d'une OSM) ont été identifiés. Ils peuvent être classés en facteurs de risque endogènes (s'ils sont fonction de l'enfant lui-même) ou exogènes (s'ils lui sont extérieurs).

  • Les principaux facteurs de risque endogènes sont :
    • L'hérédité (antécédents familiaux d'OMA ou OSM dans la petite enfance)
    • Les terrains particuliers : trisomie 21, malformations craniofaciales, fentes et/ou anomalies vélaires ou vélopalatines (même opérées), pathologies ciliaires (syndrome de Kartagener par exemple qui associe un fort ralentissement du battement des cils associé à un situs inversus), déficits immunitaires

  • Les principaux facteurs de risque exogènes sont :
    • L'absence d'allaitement maternel
    • Un tabagisme passif qui d'une part irrite la muqueuse, d'autre part paralyse les cils (effet nicotinique) et enfin modifie la flore normale du rhinopharynx
    • Les collectivités, telles que les crèches qui favorisent les contaminations
    • La pollution atmosphérique
    • La saison automno-hivernale avec son cortège d'infections virales

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otites

  • Les trois germes principalement responsables des OMA de l'enfant de plus de 3 mois sont les germes le plus fréquemment rencontrés dans le rhinopharynx, à savoir :
    • Streptococcus pneumoniae
    • Haemophilus influenzae
    • Moraxella (Branhamella) catarrhalis

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otites - Otalgie

  • L'innervation sensitive de la région auriculaire dépend des quatre paires crâniennes que sont les nerfs :
    • Trijumeau (V)
    • Facial (VII)
    • Glossopharyngien (IX)
    • Pneumogastrique (X),
    • Et du plexus cervical superficiel

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otites - Otalgies Innvervation

  • Au niveau du pavillon :
    • L'innervation de la racine de l'hélix, du tragus et de la partie antérieure du lobule dépend du nerf trijumeau par sa branche auriculotemporale (V3)
    • Celle de l'hélix, de l'anthélix et de la partie postérieure du lobule dépend du plexus cervical superficiel par l'intermédiaire de sa branche auriculaire

  • Au niveau de la conque et du conduit auditif externe (CAE) :
    • La partie tout antérieure de la conque et du CAE est innervée par la branche auriculo-temporale du nerf trijumeau
    • Le reste de la conque et de la partie initiale du CAE (zone de Ramsay-Hunt) dépend du nerf intermédiaire de Wrisberg (VIIbis)
    • Enfin, la partie profonde du conduit et le tympan dépendent du pneumogastrique

  • Au niveau de l'oreille moyenne :
    • La caisse du tympan est innervée par le nerf tympanique (nerf de Jacobson), branche du nerf glossopharyngien

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otites - Otalgie Innervation

  • L'innervation de la membrane tympanique est assurée par des nerfs formant des plexus riches et nombreux, procurant à celle-ci une très grande sensibilité :
    • Les nerfs sous-cutanés (qui prolongent ceux du CAE) :
      • Provenant du nerf auriculotemporal (branche du trijumeau) et du rameau sensitif du CAE que donne le nerf facial

    • Les nerfs sous-muqueux :
      • Provenant du nerf tympanique, branche du nerf glossopharyngien IX

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otites

  • Examens complémentaires
    • Ils sont envisagés lorsque l'ensemble de l'examen clinique est négatif :
      • Endoscopie rhinopharyngolaryngée
      • Radiographies des sinus, de la colonne cervicale
      • Orthopantomographie

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otalgies : les lésions de l'oreille externe

  • Au niveau du pavillon
    • Pour le pavillon, l'inspection corrélée aux circonstances d'apparition reconnaît facilement :
      • L'otohématome, qui correspond à l'extravasation de sang entre le périchondre et le cartilage après un traumatisme.
        • Le pavillon, œdématié et tuméfié, est sensible au toucher.
        • Le traitement en est chirurgical par l'évacuation de la collection sanguine et un drainage

      • La périchondrite, qui succède à un traumatisme ouvert du pavillon, à un hématome surinfecté, une otite externe avec extériorisation au pavillon ou à une intervention sur l'oreille, comme une otoplastie.
        • Le pavillon est rouge, tuméfié, avec effacement des reliefs ; la douleur est intense, augmentée par le contact.
        • Le germe le plus souvent en cause est le Pseudomonas aeruginosa.
        • Le traitement repose sur l'antibiothérapie par voie générale et le drainage chirurgical au stade collecté, avec l'élimination des éléments cartilagineux nécrosés.
        • Le risque évolutif est la nécrose cartilagineuse

      • Le nodule douloureux de l'oreille, qui correspond à une dyskératose douloureuse centrée par un petit névrome siégeant sur le bord de l'hélix, au voisinage du tubercule de Darwin ; sa résection amène la guérison

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otalgies : les lésions de l'oreille externe

  • L'otite externe est une pathologie très fréquente, essentiellement estivale, liée aux baignades et aux traumatismes du conduit.
  • Elle touche tous les âges et se manifeste par une otalgie intense, lancinante, augmentant dans la première partie de la nuit.
  • Il n'y a pas de fièvre

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otalgies : les lésions de l'oreille externe

  • Otite externe
    • L'examen clinique permet le diagnostic face à une douleur provoquée à la palpation du tragus ou à la traction du pavillon.
    • Les patients se plaignent par ailleurs d'une douleur à la mastication liée au contact du condyle mandibulaire sur la face antérieure du conduit.

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otalgies : les lésions de l'oreille externe

  • Otite externe
    • Il peut s'agir d'une otite externe diffuse bactérienne ou mycosique, d'un furoncle de la zone pileuse du conduit ou d'un eczéma surinfecté.
    • Les germes en cause sont le Staphylococcus aureus ou le Pseudomonas aeruginosa.
    • Dans 10 % des cas, il s'agit d'une mycose, essentiellement à Aspergillus : il faut savoir reconnaître l'aspect filamenteux et les taches noires caractéristiques de cette pathologie

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otalgies : les lésions de l'oreille externe

  • Otite externe
    • Le traitement est local, reposant sur l'application de gouttes à visée antibiotique.
    • Ces gouttes nécessitent parfois des gestes locaux du conduit auditif externe à type de méchage ou mise en place de drains de façon à faciliter l'introduction des gouttes par le conduit auditif externe et surtout de permettre le contact au site infecté.

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otalgies : les lésions de l'oreille externe

  • Otite externe
    • Enfin, toujours penser à l'« otite maligne externe », véritable ostéite de la base du crâne chez le sujet diabétique ou immunodéprimé.
    • L'agent causal le plus fréquent est le Pseudomonas aeruginosa, de traitement lourd et prolongé

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otalgies : les lésions de l'oreille externe

  • Les corps étrangers, de nature variable, sont aussi reconnus et localisés à l'otoscopie.
  • Leur extraction est impérative et nécessite parfois une sédation (mélange équimolaire de protoxyde d'azote et d'oxygène : MEOPA) ou une anesthésie générale quand ils sont enclavés.
  • Dans tous les cas, une vérification de l'état du CAE et du tympan est nécessaire, avec prescription d'antibiotiques locaux si besoin

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Catarrhe tubaire

  • L'otalgie est associée à une autophonie, une hypoacousie, une sensation d'oreille bouchée.
  • L'otoscopie note une congestion ou une légère rétraction du tympan, à un degré de plus des signes d'OSM (otite séromuqueuse).
  • L'impédancemétrie montre un décalage du tympanogramme vers les pressions négatives (courbe C)

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Myringite phlycténulaire

  • L'otalgie, très vive, plus ou moins associée à une otorrhée sanglante, peut parfois céder à la ponction de ces phlyctènes sous antibiothérapie.

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otalgie après instillation de gouttes auriculaires

  • Elle traduit une perforation tympanique, quelquefois méconnue par le patient

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Pétrosite

  • La pétrosite est devenue très rare.
  • Elle correspond à une atteinte infectieuse suppurée de l'os pétreux, plus ou moins associée à une nécrose osseuse, facilitée par des troubles de l'immunité ou un microtraumatisme.

  • Les diagnostics différentiels sont le cancer (rhabdomyosarcome, sarcome d'Ewing) et l'histiocytose langerhansienne.

  • Parmi les signes essentiels, on retient la persistance sur une oreille opérée (le plus souvent de mastoïdectomie), d'un écoulement tenace et nauséabond, et de douleurs constantes pulsatiles de la région temporopariétale, parfois associées à une paralysie du VI dans les suites d'une otite moyenne aiguë homolatérale (syndrome de Gradenigo)

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Tumeurs oreille moyenne

  • Malgré un traitement radiochirurgical, le pronostic de ces tumeurs reste redoutable.
  • Parmi les tumeurs bénignes, les tumeurs du glomus jugulaire n'entraînent pas à proprement parler d'otalgie, mais sont plutôt responsables d'acouphènes pulsatiles, quelquefois étiquetés à tort otalgie par les patients à cause de la gêne qu'ils entraînent

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otalgies

  • Les affections de l'oreille interne ne donnent généralement pas lieu à des phénomènes douloureux.
  • Il est exceptionnel que le neurinome de l'acoustique puisse se révéler par une otalgie

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otalgies réflexes

  • Trijumeau
    • Les étiologies suivantes peuvent être en cause :
      • Origine dentaire (avis spécialisé et bilan radiographique) :
        • Carie profonde
        • Pulpite chronique
        • Granulome péri-apical
        • Accident d'éruption de dent de sagesse
        • Gingivostomatites herpétiques

      • Tumeur du bord de la langue, du sillon amygdaloglosse, du plancher de la bouche… de diagnostic facile

      • Tumeurs du rhinopharynx (+++)

      • Atteinte de l'articulation temporomandibulaire :
        • Arthrite évidente
        • Arthralgies à la mobilisation articulaire
        • Troubles de l'articulé dentaire, responsables de douleurs au niveau de l'articulation temporomandibulaire et de douleurs vives en avant de l'oreille (SADAM, syndrome algo-dystrophique de l'appareil manducateur
          • Déclenchées par la pression ou l'ouverture de la bouche, la mobilisation de la mâchoire entraînant des craquements, un ressaut, une subluxation et des crises de trismus intermittentes.
          • Chez le grand enfant et l'adolescent, les problèmes de malposition dentaire ou les mouvements de mastication excessive (tels que le bruxisme) donnent des douleurs temporomandibulaires

      • Syndrome de l'apophyse styloïde longue (douleur lors de la rotation de la tête ou de la déglutition)

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites
Toute otite séromuqueuse unilatérale doit imposer une nasofibroscopie rhinopharyngolaryngée à la recherche d'une éventuelle tumeur du cavum
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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otalgies réflexes

  • Facial
    • Le zona acousticofacial (auriculaire) est une atteinte du ganglion géniculé (VII) par récurrence du virus de la varicelle et du zona (VZV), avec éruption cutanée vésiculeuse de la zone de Ramsay- Hunt, souvent précédée par une otalgie intense à type de brûlure.
      • Classiquement :
        • Paralysie faciale périphérique
        • Vertige
        • Surdité de perception (participation du VIII)

          s'y associent.

    • La paralysie faciale a frigore entraîne des douleurs, en général mastoïdiennes, fréquentes

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otalgies réflexes

  • Glossopharyngien
    • Il peut s'agir :
      • D'une cause infectieuse : angine, phlegmon de l'amygdale, aphte…
      • De l'otalgie du reflux gastro-œsophagien
      • D'une tumeur de l'oropharynx

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otalgies réflexes

  • Pneumogastrique
    • Les tumeurs de l'hypopharynx (sinus piriforme…), de diagnostic plus difficile, nécessitent un bilan endoscopique

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otalgies réflexes

  • Sympathique cervical
    • Les pathologies suivantes peuvent être en cause :
      • Lésions rachidiennes cervicales dystrophiques ou traumatiques, trop souvent incriminées
      • Pathologie parotidienne infectieuse ou cancéreuse
      • Adénopathie inflammatoire (jugulocarotidienne haute) infectieuse ou néoplasique
      • Tumeur parapharyngée
      • Dissection carotidienne (accompagnée d'un syndrome de Claude Bernard-Horner)

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites
Épidémiologie Il s'agit de l'infection la plus fréquemment rencontrée chez l'enfant, avec une incidence maxi- male chez le nourrisson entre 6 et 24 mois. On considère que trois enfants sur quatre ont fait au moins une otite moyenne aiguë à l'âge de 2 ans
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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otites moyennes aiguës - Germes

  • Dans le cas de l'otite moyenne aiguë congestive, les virus sont responsables de plus de 90 % des infections.
  • Dans 10 % des cas, il s'agit d'une infection bactérienne qui va pouvoir évoluer vers une otite collectée.

  • Toutes les otites collectées ou perforées sont d'origine bactérienne, avec deux germes prépondérants :
    • L'Haemophilus influenzae (30 à 40 % entre 6 mois et 36 mois, dont 17 % sécrètent une β-lactamase)
    • Dans environ 40 % des cas un Pneumocoque ; 3,9 % des souches sont résistantes à la pénicilline et 42 % sont de sensibilité intermédiaire (chiffres à moduler en fonction de paramètres en particulier régionaux)

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otites moyennes aiguës

  • Sont également rencontrés :
    • Staphylocoque doré
    • Staphylococcus epidermidis
    • Streptocoque pyogène du groupe A
    • Moraxella (Branhamella) catarrhalis
    • Des germes anaérobies

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otites moyennes aiguës

  • La symptomatologie clinique peut orienter vers la bactérie responsable :
    • Une OMA associée à une conjonctivite purulente oriente vers H. influenzae
    • Une OMA associée à de la fièvre supérieure à 38,5°C et des douleurs locales importantes oriente plutôt vers S. pneumoniae

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otites moyennes aiguës

  • Facteurs de risque vis-à-vis du pneumocoque de sensibilité diminué chez l'enfant.
    • Âge inférieur à 18 mois
    • Vie en collectivité dans un habitat urbain
    • Existence dans les antécédents récents d'une otite moyenne aiguë Et/ou administration d'antibiotiques de la série aminopénicilline dans les 3 mois précédents

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otites moyennes aiguës

  • Chez l'enfant, trompe auditive probablement plus perméable, mais surtout plus courte et plus horizontale pour des raisons de croissance craniofaciale, la morphologie adulte commençant à être obtenue vers l'âge de 6 ou 7 ans

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otites moyennes aiguës

  • L'otoscopie affirme le diagnostic :
    • Au stade congestif, le tympan est rosé ou rouge vif, avec conservation des reliefs du marteau
    • Au stade suppuré :
      • À tympan fermé : le tympan est rouge violacé, bombant, avec disparition des reliefs ou d'aspect jaunâtre (otite « camouflée » par les antibiotiques)
      • À tympan ouvert (ou stade perforé) : perforation tympanique spontanée punctiforme, battante, laissant sourdre un liquide mucopurulent plus ou moins abondant

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otites moyennes aiguës

Ne pas oublier d'examiner l'autre oreille (la bilatéralité de l'OMA est fréquente), le nez et le pharynx

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

OMA du nourrisson

  • Elle est fréquente, bilatérale et elle a souvent un retentissement important sur l'état général.
    • La forme sthénique se manifeste comme chez le grand enfant par une otalgie (cris et pleurs intermittents spontanés ou à l'alimentation) et par un aspect otoscopique flagrant.

    • La forme asthénique se manifeste par des signes d'emprunt généraux : hyperthermie, chute pondérale, hypothrepsie, gastroentérite (pouvant aller jusqu'à la « toxicose »).
      • L'otoscopie peut aussi montrer des signes patents peu significatifs tels qu'un tympan simplement mat ou givré (otoantrite latente)

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otites moyennes aiguës

  • Un examen des oreilles s'impose devant toute atteinte de l'état général d'un nourrisson et notamment devant tout syndrome fébrile ou dyspeptique.

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otites moyennes aiguës

  • Les formes torpides, asthéniques peuvent se rencontrer chez le vieillard ou le diabétique
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OMA nécrosante de la rougeole et de la scarlatine

  • Elle laisse comme séquelle une destruction tympanique importante

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Otites moyennes aiguës - Fomre phlycténulaire

  • Phlyctènes hémorragiques du tympan et/ou du conduit adjacent, associées de façon inconstante à un épanchement rétrotympanique dans lequel Haemophilus influenzae ou le pneumocoque peut être isolé.
  • Le traitement est celui de l'OMA

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Otites moyennes aiguës - Barotraumatisme

  • Elle se manifeste par une violente otalgie, une sensation d'oreille bouchée et une image otoscopique d'otite congestive.
  • Elle guérit sans problème (spontanément ou par un traitement anti-inflammatoire), s'il n'y a pas de problème rhinopharyngé, source de surinfection

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OMA - Au stade catarrhal

  • Instillations auriculaires, surtout à visée antalgique et décongestionnante (Osmotol ® , Otalgol ® , Otipax ® )
  • Les antibiotiques locaux sont inutiles

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OMA - Au stade catarrhal

  • Antalgiques, anti-inflammatoires non stéroïdiens et antipyrétiques par voie générale

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

OMA - Au stade suppuré

  • Antibiothérapie
    • Elle a transformé le pronostic de l'OMA, dont les complications graves sont maintenant très rares.
    • Elle n'a cependant ni diminué leur fréquence, ni leurs récidives, ni le passage à la chronicité

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

OMA - Au stade suppuré

  • Chez le nouveau-né (rare)
    • Les germes sont souvent résistants aux antibiotiques (staphylocoque doré, Pseudomonas, streptocoques pyogènes).
    • Les barrières épithéliales étant plus perméables à cet âge, ces infections nécessitent un bilan général comme toute fièvre néonatale.
    • L'antibiothérapie à large spectre est indiquée
    • Le prélèvement bactériologique doit être systématique par paracentèse

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

OMA - Au stade suppuré

  • Chez l'enfant, si l'otite est associée à une conjonctivite, l'Haemophilus influenzae est probablement en cause.
    • Il convient de prescrire amoxicilline-acide clavulanique (Augmentin ® )
      • En cas d'allergie vraie aux pénicillines sans allergie aux céphalosporines : céphalosporine orale de deuxième ou troisième génération (cefpodoxime)
        • En cas de contre-indication aux β-lactamines : érythromycine-sulfizoxazole (Pédiazole ® ) ou cotrimoxazole (érythromycine-sulfaméthoxazole)

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OMA - Au stade suppuré

  • Chez le bébé de moins de 18 mois gardé en crèche, fortement fébrile
    • Il faut craindre surtout le pneumocoque (plus rarement Haemophilus, streptocoque).
      • Le traitement repose sur l'Amoxicilline
        • Si Haemophilus : moins de souches productrices de β-lactamases donc la différence d'activité entre l'amoxicilline seule et l'amoxicilline associée à de l'acide clavulanique n'intéresserait que 5 patients sur 100
        • Si pneumocoque : l'amoxicilline reste très active sur les pneumocoques intermédiaires).
          • En cas d'impossibilité d'assurer un traitement par voie orale, une céphalosporine de troisième génération injectable (ceftriaxone) est indiquée

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OMA - Au stade suppuré

  • Pour un enfant de plus de 2 ans ou un adulte peu fébrile, sans antibiotique dans les 3 mois précédents, en région à faible prévalence de pneumocoque résistant
    • L'Amoxicilline doit être prescrite en première intention.

  • Chez l'enfant de plus de 2 ans avec des symptômes peu bruyants, un traitement symptomatique peut se justifier en première intention, sous couvert d'une réévaluation à la 48 e à 72 e heure.
    • Si l'évolution n'est pas satisfaisante ou que les symptômes s'aggravent, une antibiothérapie doit être prescrite

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OMA - Au stade suppuré

  • L'antibiothérapie doit respecter les conditions suivantes :
    • Doses correctes
    • Durée minimale de 8–10 jours chez l'enfant de moins de 2 ans et 5 jours chez le plus grand
    • Et surveillance otologique attentive des critères de guérison (disparition des signes généraux, disparition des douleurs, aspect otoscopique normal ou subnormal avec disparition de l'inflammation, réapparition des reliefs et audition normale ou subnormale)

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OMA - Au stade suppuré

  • L'antibiothérapie s'impose formellement dans certains cas :
    • OMA suppurée du nouveau-né et du petit nourrisson
    • Formes avec atteinte sévère de l'état général ;
    • OMA compliquant une maladie générale (rougeole, varicelle, scarlatine…)
    • Otorrhée sur OMA perforée persistant plus d'une semaine, sans tendance à l'amélioration

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OMA - Au stade suppuré

  • Paracentèse
    • Il s'agit d'une incision dans le quadrant antéro-inférieur du tympan, réalisée de préférence avec anesthésie, et avec une parfaite immobilité du sujet.
    • La paracentèse n'est pas strictement indispensable sous couvert d'antibiotiques et d'une bonne surveillance, mais elle est utile au stade suppuré, car elle assure le drainage de l'abcès et permet une documentation bactériologique.

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OMA - Au stade suppuré

  • Indications de la paracentèse (ou myringotomie) dans le cadre des otites moyennes aiguës collectées
    • OMA collectée hyperalgique
    • OMA collectée très fébrile résistante aux antipyrétiques
    • Toutes les conditions nécessitant un prélèvement pour étude bactériologique :
      • Évolution anormale ou compliquée
      • Otites récidivantes ou traînantes
      • Terrain particulier (nourrisson de moins de 3 mois, déficit immunitaire)
      • Altération de l'état général

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

OMA - Au stade suppuré

  • L'évolution est favorable dans la majorité des cas, spontanément ou sous traitement :
    • Au stade congestif, elle peut guérir simplement ou passer au stade suppuré puis ouvert avec otorrhée
    • Au stade suppuré (perforé), l'otorrhée est purulente puis, vers le 3 e jour, devient mucopurulente puis muqueuse, tandis que les signes généraux et fonctionnels disparaissent
    • La fermeture du tympan (en cas d'ouverture) survient vers le 3 e –4 e jour

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OMA - Au stade suppuré

  • Le passage à la chronicité (otite séromuqueuse) s'observe dans 10 à 20 % des cas

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OMA - Au stade suppuré - Echec

  • Si le traitement premier était l'amoxicilline associée à l'acide clavulanique, la documentation bactériologique s'impose par paracentèse
  • Sinon, en cas d'échec d'un autre antibiotique, il convient de prescrire l'Augmentin ® dans un premier temps

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OMA - Au stade suppuré - Mastoïdite

  • L'examen tomodensitométrique montre l'opacité mastoïdienne
    • Il doit être pratiqué non pas pour le diagnostic de mastoïdite, mais pour rechercher des complications méningoencéphaliques qui peuvent être latentes (incidence de l'ordre de 10%)

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OMA - Au stade suppuré

  • Mastoïdite
    • Son traitement s'effectue en milieu spécialisé et repose sur une antibiothérapie, une paracentèse et une prise en charge éventuellement chirurgicale

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OMA

  • La mastoïdite est la complication classique de l'OMA
  • L'otite séromuqueuse est la complication la plus fréquente à long terme de l'OMA

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OMA - Au stade suppuré - Complcations

  • L'otite séromuqueuse vient compliquer 10 à 20 % des otites moyennes aiguës.
    • Elle est à distinguer de l'épanchement post-otitique.
      • Cette complication très fréquente oblige à recontrôler tout patient ayant présenté une otite moyenne aiguë dans les 4 à 6 semaines suivant son épisode

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OMA - Au stade suppuré - Complications

  • La paralysie faciale est actuellement une complication fréquente de l'otite moyenne aiguë, avec une fréquence de 5 pour 1 000.
    • Elle peut être partielle ou complète.
    • Elle nécessite le recours au spécialiste pour réalisation d'une paracentèse et une antibiothérapie adaptée.

  • La méningite a une fréquence de 1 pour 10 000.
    • Son mécanisme peut être hématogène ou par voie osseuse ou par voie labyrinthique

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On appelle otites moyennes chroniques (OMC) tous les processus inflammatoires de l'oreille moyenne évoluant depuis plus de 3 mois
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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

On distingue :

  • Les OMC bénignes, ou non cholestéatomateuses (otite séromuqueuse et otite moyenne chronique à tympan ouvert), qui peuvent laisser des séquelles tympaniques et ossiculaires accessibles au traitement chirurgical

  • Les OMC dangereuses ou cholestéatomateuses, qui n'ont aucune tendance à la guérison spontanée et peuvent entraîner des complications dont certaines mettent en jeu le pronostic vital

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites
L'OSM est considérée comme la plaque tournante de tous les processus d'otite chronique et porte en elle le potentiel susceptible de conduire aux autres formes cliniques
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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otite moyenne chronique à tympan fermé

  • Épidémiologie
    • L'OSM est une pathologie très fréquente, touchant près de 50 % des enfants.
    • L'âge moyen est de 5 ans.
    • Elle est bilatérale dans 85 % des cas.
    • La chronicité doit être affirmée par des examens répétés car certains épanchements évoluent spontanément vers la résorption

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites
Toute OSM unilatérale de l'adulte ou de l'enfant doit faire rechercher une pathologie tumorale maligne du cavum
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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otite moyenne chronique à tympan fermé

  • Division vélaire ou vélopalatine, qui doit être recherchée, même dans sa forme sous-muqueuse, voire une luette bifide.
  • Chez ces enfants, même lorsque la fente a été fermée chirurgicalement, l'otite apparaît souvent très tôt et peut se prolonger fort longtemps

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otite moyenne chronique à tympan fermé

  • Signes d'appel
    • L'hypoacousie est le mode de révélation habituel.
    • Elle est d'autant plus handicapante qu'elle survient chez un enfant qui doit avoir une boucle audiophonatoire normale pour avoir un bon développement du langage oral

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites
Dans les OSM, les phrases ont un sujet/verbe/complément, mais tout est mal articulé
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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otite moyenne chronique à tympan fermé

  • Parmi les autres symptômes, les grands enfants et les adultes signalent une sensation d'oreille pleine, d'autophonie, plus rarement de liquide changeant de place ou de vertige.

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Otite moyenne chronique à tympan fermé

  • À l'otoscopie, les tympans apparaissent comme une association des aspects suivants :
    • Mats, ambrés, jaunâtres, parcourus de fines stries vasculaires
    • Rétractés
    • Parfois bombant
    • Ou avec un niveau liquidien

  • Ils sont immobiles lors de l'examen au spéculum pneumatique (de Siegle) ou à la manœuvre de Valsalva.

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Otite moyenne chronique à tympan fermé

  • Audiométrie tonale
    • La surdité de transmission est de 27 dB en moyenne sur les fréquences conversationnelles.
      • Chez le jeune enfant, il est possible de faire un examen audiométrique, avec étude des seuils en conduction aérienne et osseuse en employant des techniques utilisant le réflexe d'orientation conditionné ou le ciné-show
        • Une surdité de transmission dont l'aspect de la courbe est à pente ascendante des graves vers les aigus est classiquement observée.

      • Chez l'adulte, les techniques conventionnelles d'audiométrie sont utilisées

  • Tympanogramme :
    • Il est généralement plat, ce qui permet de conforter les données de l'otoscopie

  • Bilan orthophonique si nécessaire, pour évaluer de façon objective le décalage langagier

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Otite moyenne chronique à tympan fermé

  • Évolution
    • L'évolution est le plus souvent favorable et l'enfant guérit de lui-même avec la fin de la maladie d'adaptation.
    • L'OSM peut faire l'objet de poussées de réchauffement sous la forme d'OMA à répétition.
    • Elle peut cependant laisser des séquelles tympano-ossiculaires non négligeables (atélectasie tympanique, lyse ossiculaire), entraînant une surdité résiduelle de transmission.
    • Elle peut être la source d'un cholestéatome par invagination épidermique du tympan

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Otite moyenne chronique à tympan fermé

  • Le traitement a plusieurs cibles :
    • Action sur l'infection rhinopharyngée :
      • Désinfection rhinopharyngée
      • Ablation des végétations adénoïdes (adénoïdectomie)
      • Prise en charge d'un facteur d'environnement ou général (tabagisme passif, RGO, allergie)
      • Cure climatique (suppression momentanée des polluants, anémie, carence nutritionnelle)
      • Crénothérapie

Il n'existe aucun médicament allopathique qui a démontré son efficacité

  • Action sur la perméabilité tubaire et l'aération de la caisse : pose d'aérateurs transtympaniques (ATT, appelés aussi communément drains, « yo-yo » ou « diabolos ») le plus souvent
  • Insufflation tubaire
  • Auto-insufflation
  • Rééducation tubaire par orthophoniste

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Otite moyenne chronique à tympan fermé

  • L'indication d'un ATT (références médicales opposables) doit être posée devant une OSM entraînant des complications :
    • Liées à la surdité : surdité bilatérale de transmission supérieure à 30 dB ou avec retard de langage ou de parole, ou surdité de perception sous-jacente
    • Liées à la présence de l'épanchement liquidien : épisodes de surinfection répétés (plus de cinq à six épisodes d'OMA par hiver)
    • Liées à une souffrance démontrée par la présence d'une poche de rétraction tympanique
    • Liées à une durée d'évolution prolongée prévisible : séquelles de chirurgie vélaire, insuffisance vélaire

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Deep Probabilistic Logic: A Unifying Framework for Indirect Supervision

Hai Wang, Hoifung Poon


Abstract
Deep learning has emerged as a versatile tool for a wide range of NLP tasks, due to its superior capacity in representation learning. But its applicability is limited by the reliance on annotated examples, which are difficult to produce at scale. Indirect supervision has emerged as a promising direction to address this bottleneck, either by introducing labeling functions to automatically generate noisy examples from unlabeled text, or by imposing constraints over interdependent label decisions. A plethora of methods have been proposed, each with respective strengths and limitations. Probabilistic logic offers a unifying language to represent indirect supervision, but end-to-end modeling with probabilistic logic is often infeasible due to intractable inference and learning. In this paper, we propose deep probabilistic logic (DPL) as a general framework for indirect supervision, by composing probabilistic logic with deep learning. DPL models label decisions as latent variables, represents prior knowledge on their relations using weighted first-order logical formulas, and alternates between learning a deep neural network for the end task and refining uncertain formula weights for indirect supervision, using variational EM. This framework subsumes prior indirect supervision methods as special cases, and enables novel combination via infusion of rich domain and linguistic knowledge. Experiments on biomedical machine reading demonstrate the promise of this approach.
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Deep Probabilistic Logic: A Unifying Framework for Indirect Supervision - ACL Anthology
Deep Probabilistic Logic: A Unifying Framework for Indirect Supervision - ACL Anthology [imagelink] ACL Anthology FAQ(current) Corrections(current) Submissions(current) Deep Probabilistic Logic: A Unifying Framework for Indirect Supervision Hai Wang , Hoifung Poon Abstract Deep learning has emerged as a versatile tool for a wide range of NLP tasks, due to its superior capacity in representation learning. But its applicability is limited by the reliance on annotated examples, which are difficult to produce at scale. Indirect supervision has emerged as a promising direction to address this bottleneck, either by introducing labeling functions to automatically generate noisy examples from unlabeled text, or by imposing constraints over interdependent label decisions. A plethora of methods have been proposed, each with respective strengths and limitations. Probabilistic logic offers a unifying language to represent indirect supervision, but end-to-end modeling with probabilistic logic is often infeasible due to intractable inference and learning. In this paper, we propose deep probabilistic logic (DPL) as a general framework for indirect supervision, by composing probabilistic logic with deep learning. DPL models label decisions as latent variables, represents prior knowledge on their relations using weighted first-order logical formulas, and alternates between learning a deep neural network for the end task and refining uncertain formula weights for indirect supervision, using variational EM. This framework subsumes prior indirect supervision methods as special cases, and enables novel combination via infusion of rich domain and linguistic knowledge. Experiments on biomedical machine reading demonstrate the promise of this approach. Anthology ID: D18-1215 Volume: Proceedings of the 2018 Conference on Empirical Methods in Natural Language Processing Month: October-November Year: 2018 Address: Brussels, Belgium Venue




#bert
Have you tried the standard T5 way of introducing a new task through text instead of using a BERT-style finetuning head? (In other words, formatting the relation task as free-text and feeding it straight into a stock-standard T5? "Entity: gefitinib; Entity: alcohol; Sentence: This study finds interactions between gefitinib and alcohol"). I don't remember exactly, but I don't think the original paper uses any task-specific heads for any task
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#bert #unfinished
Imagine it’s 2013: Well-tuned 2-layer, 512-dim LSTM sentiment analysis gets 80% accuracy, training for 8 hours. ○ Pre-train LM on same architecture for a week, get 80.5%
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Imagine it’s 2013: Well-tuned 2-layer, 512-dim LSTM sentiment analysis gets 80% accuracy, training for 8 hours. ○ Pre-train LM on same architecture for a week, get 80.5%. ○ Conference reviewers: “Who would do something so expensive for such a small gain?”

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Devlin-presentation-BERT
ar before 2018 with ELMo? ● Good results on pre-training is >1,000x to 100,000 more expensive than supervised training. ○ E.g., 10x-100x bigger model trained for 100x-1,000x as many steps. ○ <span>Imagine it’s 2013: Well-tuned 2-layer, 512-dim LSTM sentiment analysis gets 80% accuracy, training for 8 hours. ○ Pre-train LM on same architecture for a week, get 80.5%. ○ Conference reviewers: “Who would do something so expensive for such a small gain?” Common Questions ● The model must be learning more than “contextual embeddings” ● Alternate interpretation: Predicting missing words (or next words) requires learning many types of lang




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#bert #unfinished
Question
Imagine it’s 2013: Well-tuned 2-layer, 512-dim LSTM sentiment analysis gets 80% accuracy, training for 8 hours. ○ Pre-train LM on same architecture for a week, get 80.5%. ○ [...]: “Who would do something so expensive for such a small gain?”
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Conference reviewers

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Imagine it’s 2013: Well-tuned 2-layer, 512-dim LSTM sentiment analysis gets 80% accuracy, training for 8 hours. ○ Pre-train LM on same architecture for a week, get 80.5%. ○ Conference reviewers: “Who would do something so expensive for such a small gain?”

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ar before 2018 with ELMo? ● Good results on pre-training is >1,000x to 100,000 more expensive than supervised training. ○ E.g., 10x-100x bigger model trained for 100x-1,000x as many steps. ○ <span>Imagine it’s 2013: Well-tuned 2-layer, 512-dim LSTM sentiment analysis gets 80% accuracy, training for 8 hours. ○ Pre-train LM on same architecture for a week, get 80.5%. ○ Conference reviewers: “Who would do something so expensive for such a small gain?” Common Questions ● The model must be learning more than “contextual embeddings” ● Alternate interpretation: Predicting missing words (or next words) requires learning many types of lang







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#bert #unfinished
Question
Imagine it’s 2013: Well-tuned 2-layer, 512-dim LSTM sentiment analysis gets 80% accuracy, training for 8 hours. ○ Pre-train LM on same architecture for a week, get 80.5%. ○ Conference reviewers: “[...]
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Who would do something so expensive for such a small gain?

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agine it’s 2013: Well-tuned 2-layer, 512-dim LSTM sentiment analysis gets 80% accuracy, training for 8 hours. ○ Pre-train LM on same architecture for a week, get 80.5%. ○ Conference reviewers: “<span>Who would do something so expensive for such a small gain?<span>

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ar before 2018 with ELMo? ● Good results on pre-training is >1,000x to 100,000 more expensive than supervised training. ○ E.g., 10x-100x bigger model trained for 100x-1,000x as many steps. ○ <span>Imagine it’s 2013: Well-tuned 2-layer, 512-dim LSTM sentiment analysis gets 80% accuracy, training for 8 hours. ○ Pre-train LM on same architecture for a week, get 80.5%. ○ Conference reviewers: “Who would do something so expensive for such a small gain?” Common Questions ● The model must be learning more than “contextual embeddings” ● Alternate interpretation: Predicting missing words (or next words) requires learning many types of lang







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#knowledge-base-construction #nlp #unfinished
Question
ReNoun’s ap- proach is based on leveraging a large on- tology of noun attributes mined from [...] and from user queries.
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a text corpus

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ReNoun’s ap- proach is based on leveraging a large on- tology of noun attributes mined from a text corpus and from user queries.

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#knowledge-base-construction #nlp #unfinished
Question
ReNoun’s ap- proach is based on leveraging a large on- tology of noun attributes mined from a text corpus and from [...].
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user queries

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ReNoun’s ap- proach is based on leveraging a large on- tology of noun attributes mined from a text corpus and from user queries.

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#knowledge-base-construction #nlp #unfinished
Question
ReNoun’s ap- proach is based on leveraging [...] of noun attributes mined from a text corpus and from user queries.
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a large on- tology

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#knowledge-base-construction #nlp #unfinished
Question
ReNoun’s ap- proach is based on leveraging a large on- tology of [...] mined from a text corpus and from user queries.
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noun attributes

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#knowledge-base-construction #nlp #unfinished
Question
ReNoun’s ap- proach is based on leveraging a large on- tology of noun attributes [...] a text corpus and from user queries.
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mined from

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ReNoun’s ap- proach is based on leveraging a large on- tology of noun attributes mined from a text corpus and from user queries.

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#knowledge-base-construction #nlp #unfinished
One of the major themes driving the current evo- lution of search engines is to make the search experience more efficient and mobile friendly for users by providing them concrete answers to queries.
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#knowledge-base-construction #nlp #unfinished
nswers, that apply to queries about entities that the search engine knows about (e.g., famous individuals, organizations or loca- tions) complement the links that the search en- ∗ Work done during an internship at Google Research. gine typically returns (Sawant and Chakrabati, 2013; Singhal, 2012; Yahya et al., 2012)
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#knowledge-base-construction #nlp #unfinished
To support such answers, the search engine main- tains a knowledge base that describes various at- tributes of an entity (e.g., (Nicolas Sarkozy, wife, Carla Bruni)). Upon receiving a query, the search engine tries to recognize whether the answer is in its knowledge base.
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#knowledge-base-construction #nlp #unfinished
For the most part, the aforementioned knowl- edge bases are constructed using manual tech- niques and carefully supervised information ex- traction algorithms. As a result, they obtain high coverage on head attributes, but low coverage on tail ones, such as those shown in Table 1. For ex- ample, they may have the answer for the query “Sarkozy’s wife”, but not for “Hollande’s ex- girlfriend” or “Google’s philanthropic arm”.
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#knowledge-base-construction #nlp #unfinished
In addition to broadening the scope of query answer- ing, extending the coverage of the knowledge base to long tail attributes can also facilitate providing Web answers to the user. Specifically, the search engine can use lower-confidence facts to corrob- orate an answer that appears in text in one of the top Web results and highlight them to the user.
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#bert #nlp #unfinished
We find that existing models trained on lan- guage modeling and translation produce strong representations for syntactic phe- nomena, but only offer comparably small improvements on semantic tasks over a non-contextual baseline.
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#bert #nlp #unfinished
In particular, we focus on asking what information is encoded at each position, and how well it encodes structural information about that word’s role in the sentence. Is this information primarily syntactic in nature, or do the representations also encode higher-level semantic relationships? Is this information local, or do the encoders also capture long-range structure?
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#bert #nlp #unfinished
Semantic role labeling (SRL) is the task of imposing predicate-argument structure onto a natural language sentence: e.g. given a sentence like “Mary pushed John”, SRL is concerned with iden- tifying “Mary” as the pusher and “John” as the pushee. We let s 1 = [i 1 , j 1 ) represent a known predicate and s 2 = [i 2 , j 2 ) represent a known argument of that predicate, and seek to predict the role that the argument s 2 fills–e.g. ARG0 (agent, the pusher) vs. ARG1 (patient, the pushee)
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#bert #nlp #unfinished
We observe that using ELMo-style scalar mixing (mix) instead of concatenation improves perfor- mance significantly (1-3 F1 points on average) on both deep Transformer models (BERT and GPT). We attribute this to the most relevant information being contained in intermediate layers, which agrees with observations by Blevins et al. (2018), Peters et al. (2018a), and Devlin et al. (2018), and with the finding of Peters et al. (2018b) that top layers may be overly specialized to perform next-word prediction
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#bert #nlp #unfinished
In addition to the OntoNotes coreference examples, we include an extra “challenge” coreference dataset based on the Winograd schema (Levesque et al., 2012). Winograd schema problems focus on cases of pronoun resolution which are syntactically ambiguous and thus are intended to require subtler semantic inference in order to resolve correctly (see example in Table 1).
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[unknown IMAGE 5008359558412] #bert #has-images #nlp #unfinished
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#bert #nlp #unfinished
Coref Winograd: [Characters] 2 entertain audiences because [they] 1 want people to be happy. → True Characters entertain [audiences] 2 because [they] 1 want people to be happy. → False
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#bert #nlp #unfinished
We focus on four recent models for con- textualized word embeddings–CoVe, ELMo, OpenAI GPT, and BERT. Based on our analysis, we find evidence suggesting the following trends. First, in general, contex- tualized embeddings improve over their non-contextualized counterparts largely on syntactic tasks (e.g. constituent labeling) in comparison to semantic tasks (e.g. coreference), suggesting that these embeddings encode syntax more so than higher-level semantics. Second, the performance of ELMo cannot be fully explained by a model with access to local context, suggesting that the contextualized representations do encode distant linguistic information, which can help disambiguate longer-range dependency relations and higher-level syntactic structures.
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#ai-safety #machine-learning #statistics #theory #unfinished
Applications such as weather forecasting and personalized medicine demand mod- els that output calibrated probability estimates—those representative of the true likelihood of a prediction.
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#ai-safety #machine-learning #statistics #theory #unfinished
Most models are not calibrated out of the box but are recalibrated by post-processing model outputs.
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#ai-safety #machine-learning #statistics #theory #unfinished
popular re- calibration methods like Platt scaling and temperature scaling are (i) less calibrated than reported, and (ii) current techniques cannot estimate how miscalibrated they are.
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#ai-safety #machine-learning #statistics #theory #unfinished
we introduce the scaling-binning calibrator, which first fits a parametric function to reduce variance and then bins the function values to actually ensure calibration. This requires only O(1/ 2 + B) samples.
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#ai-safety #machine-learning #statistics #theory #unfinished
we show that we can estimate a model’s calibration error more accurately using an estimator from the meteorological community—or equivalently measure its calibration error with fewer samples ( O( √ B) instead of O(B) ).
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#ai-safety #machine-learning #statistics #theory #unfinished
We validate our approach with multiclass calibration experiments on CIFAR-10 and ImageNet, where we obtain a 35% lower calibration error than histogram binning and, un- like scaling methods, guarantees on true calibration.
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#ai-safety #machine-learning #statistics #theory #unfinished
fundamental limitation with approaches that output a continuous range of probabilities is that their true calibration error is unmeasurable with a finite number of bins
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#ai-safety #machine-learning #statistics #theory #unfinished
Prior work in machine learning [ 7 , 9 , 15 , 16 , 17 ] directly estimates each term in the calibration error from samples (Definition 5.1). The sample complexity of this plugin estimator scales linearly with B. A debiased estimator introduced in the meteorological literature [ 18 , 19 ] reduces the bias of the plugin estimator; we prove that it achieves sample complexity that scales with √ B by leveraging error cancellations across bins. Experiments on CIFAR-10 and ImageNet confirm that the debiased estimator measures the calibration error more accurately.
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#ai-safety #machine-learning #statistics #theory #unfinished
Suppose we have a model f : X → [0, 1] where the (possibly uncalibrated) output of the model represents the model’s confidence that the label is 1. The calibration error examines the difference between the model’s probability and the true probability given the model’s output: Definition 2.1 (Calibration error). The calibration error of f : X → [0, 1] is given by: CE(f) = E |f(X) − E [Y | f(X)]| 2 1/2 (1)
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#ai-safety #machine-learning #statistics #theory #unfinished
While calibration in binary classification is well-studied, it’s less clear what to do for multiclass, where multiple definitions abound, differing in their strengths.
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#ai-safety #machine-learning #statistics #theory #unfinished
In the multiclass setting, Y = [K] = {1, . . . , K} and f : X → [0, 1] K outputs a confidence measure for each class in [K]. Definition 2.3 (Top-label calibration error) . The top-label calibration error examines the difference between the model’s probability for its top prediction and the true probability of that prediction given the model’s output: TCE(f) = E h P Y = arg max j∈[K] f(X) j | max j∈[K] f(X) j − max j∈[K] f(X) j 2 i 1/2 (2)
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#ai-safety #machine-learning #statistics #theory #unfinished
We would often like the model to be calibrated on less likely predictions as well—imagine that a medical diagnosis system says there is a 50% chance a patient has a benign tumor, a 10% chance she has an aggressive form of cancer, and a 40% chance she has one of a long list of other conditions. We would like the model to be calibrated on all of these predictions so we define the marginal calibration error which examines, for each class, the difference between the model’s probability and the true probability of that class given the model’s output. Definition 2.4 (Marginal calibration error) . Let w k ∈ [0, 1] denote how important calibrating class k is, where w k = 1/k if all classes are equally important. The marginal calibration error is: MCE(f) = K X k=1 w k E (f(X) k − P(Y = k | f(X) k )) 2 1/2 (3)
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#ai-safety #machine-learning #statistics #theory #unfinished
For notational simplicity, our theory focuses on the binary classification setting. We can transform top-label calibration into a binary calibration problem
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#ai-safety #machine-learning #statistics #theory #unfinished
Marginal calibration can be transformed into K one-vs-all binary calibration problems where for each k ∈ [K] the model outputs the probability associated with the k -th class, and the label represents whether the correct class is k [ 13 ].
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#ai-safety #machine-learning #statistics #theory #unfinished
Using more bins allows a model to produce more fine-grained predictions, e.g. [ 18 ] use B = 51 bins, which improves the quality of predictions as measured by the mean-squared error—Figure 3b shows that our method achieves better mean-squared errors for any given calibration constraint. More concretely, the figure shows a scatter plot of the mean-squared error and squared calibration error for histogram binning and the scaling-binning calibrator when we vary the number of bins
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#ai-safety #machine-learning #statistics #theory #unfinished
Calibration alone is not sufficient: consider an image dataset containing 50% dogs and 50% cats. If f outputs 0.5 on all inputs, f is calibrated but not very useful. We often also wish to minimize the mean-squared error—also known as the Brier score—subject to a calibration budget [5, 25]. Definition 2.2. The mean-squared error of f : X → [0, 1] is given by MSE(f) = E[(f(X) − Y ) 2 ]. Note that MSE and CE are not orthogonal and MSE = 0 implies perfect calibration; in fact the MSE is the sum of the squared calibration error and a “sharpness” term [2, 4, 16]
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#python-for-data-science #python-overview
(...) Jupyter, which was originally the combination of three languages, Julia, Python and R. These days, Jupyter supports over 40 programming languages.
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#powerful #python-for-data-science #python-overview
Python is powerful, you'l find that you'll be able to accomplish in just a few lines of Python what might have taken three or five times as many lines in another language, like java or C++.
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#fast #python-for-data-science #python-overview
Pyhton is surprisingly fast for interpretive language. Generally, interpretive languages can be slower because they'd run on top of an interpreter, rather than being compiled directly from the machine on which they're running. Without getting to the weeds, you can think of this as having a middle man between the code and the machine, which isn't there for a language like C or C++. So how then, is it fast? By having some highly optimized libraries. Often, when you're in C or C ++, which will run as fast or nearly as fast as comparable native C or C++ code.
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#glue-language #python-for-data-science #python-overview
Python works well with other languages. In fact, it is often used as a glue language, running in between components written in other languages.
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#python-for-data-science #value-of-python-in-data-science
Python has a giant ecosystem of tools for connecting and working with many sources of real-world data across lots of domains.
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#python-for-data-science #value-of-python-in-data-science #video-duration
So right now, it's standard practice for people to make these videos that are MOOCs in MOOCs that are actually very short, so five minutes or less, just like this video right here, because we know the research that people are actually not gonna watch long videos.
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#python-for-data-science #python-tutor #value-of-python-in-data-science #visualization
And if you want more help on learning Python as you're taking this course, check out this tool called pythontutor.com, which is an interactive visual tool that I've created to help people debug Python code and learn Python better.
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[unknown IMAGE 5008703753484] #dynamic-typing #has-images #python-for-data-science #python-variables
In the code on the left, what happens if you try to assign an integer variable with a float or double value? You get an error. But what happens in the Python code on the right when you try to assign X to be 4.5? X is assigned 4.5 with no error. Python is actually totally content with you doing this. Why? Dynamic typing.
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#python-for-data-science #python-objects
By the end of this video, you should be comfortable with the notion that everything in Python is an object. Well, what do we mean by objects? In programming, an object is something that can hold data and often has methods associated with it.
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[unknown IMAGE 5008717122828] #has-images #python-for-data-science #python-objects
(...) we're going to have to understand that everything in Python is an object. For those of you who know C++ or Java, you'll be surprised to see that this applies to primitive types too. In fact, the line x = 3 on the left is going to cause a PyIntObject to be created. The PyIntObject is going to hold the value of the object, in this case three, along with other details for Python to work with under the hood. These features include the type of object, the number of references to the object, and a bunch of others. So let's see how x = 3 might work, and we can do this by drawing the memory diagram. First, when you say x = 3, Python will create a PyIntObject with a value of three and then have your variable x point to that object. For those of you more versed in the details of programming, x is being created on the stack, and the PyIntObject with the value of three is being created on the heap. The stack holds your local variables and is managed by your program, whereas the heap holds dynamically created data and is actually managed by the operating system. But don't worry if those terms aren't familiar to you. So what happens when we now say x = 4.5? First, a PyFloatObject with the value of 4.5 will be created. Then, x will be set to point directly to that new PyFloatObject. For those of you familiar with C or C++, no longer having anything point to an object should be a big red flag, because that's lost memory, but in Python, that's taken care of for you. The garbage collector in Python will automatically free the space associated with that first PyIntObject because nothing is pointed to it anymore.
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[unknown IMAGE 5008724987148] #has-images #is-command #objects #python-for-data-science #python-objects #references
Here, we'll create a variable x to have a value three. The memory model for those two lines of code is below. If you're ever curious to know if two variables are pointing to the same object, you can use the is command. In this case, if we run x is y, it will return true if they point to the same object and false if they do not. Since our memory diagram has them pointing to different objects, we'd hope the answer is false. And it is. X points to a PyIntObject, and y points to a PyFloatObject.
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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otite muqueuse à tympan ouvert

Dans ce cadre, l'otorrhée est due à une métaplasie mucipare des cavités de l'oreille moyenne : tant que cette métaplasie est active, l'otorrhée persiste

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otite muqueuse à tympan ouvert

L'otoscopie montre, après nettoyage du conduit, une perforation tympanique de taille variable, antéro-inférieure ou réniforme, voire subtotale de la pars tensa, mais non marginale : elle n'atteint pas les parois du conduit et est bordée de tympan

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otite muqueuse à tympan ouvert

la greffe de tympan (tympanoplastie) permet souvent au mouvement mucociliaire de la caisse de retrouver son chemin vers la trompe auditive et de limiter l'inflammation liée au contact de la muqueuse de la caisse du tympan avec le milieu extérieur

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites
Séquelles des otites On distingue la tympanosclérose et l'otite atélectasique, avec ses deux formes, la poche de rétraction et l'otite fibroadhésive
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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Séquelles des otites

Tympanosclérose

  • La tympanosclérose se caractérise par une transformation hyaline de la muqueuse de l'oreille moyenne. Cette transformation conduit à l'infiltration progressive de la muqueuse par des lamelles pseudocartilagineuses ou par des blocs pseudocalcaires immobilisant les osselets. Il faut distinguer cette tympanosclérose de la simple infiltration calcaire de la membrane tympanique, appelée aussi myringosclérose, très fréquente dans les suites de pose d'ATT et sans conséquence fonctionnelle

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Séquelles des otites - Tympanosclérose

Le traitement doit tenir compte du potentiel évolutif de cette affection. En effet, si la fermeture de la membrane tympanique (myringoplastie) donne de bons résultats, le geste de libération ossiculaire (ossiculoplastie) donne des résultats variables et généralement temporaires.

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Séquelles des otites - Tympanosclérose

Cliniquement, les circonstances de découverte sont une hypoacousie progressive chez un grand enfant aux antécédents otitiques chargés.

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Séquelles des otites - Atélectasique

Les deux principales étiologies sont la fragilisation de la membrane tympanique (collagénolyse de la couche fibreuse de la membrane tympanique) et la dépression endotympanique

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Séquelles des otites - Atélectasique

L'otoscopie sous microscope ou à l'optique permet de définir une PR par : • sa topographie : au niveau de la pars tensa (on parle de rétraction atriale) ou au niveau de la pars flaccida (rétraction atticale) (figure 14.14) ; • son caractère : marginal (atteignant le sulcus osseux) ou non marginal ; • la stabilité de l'épiderme : normal (on parle de poches autonettoyantes) ou dyskératosique, conduisant à l'accumulation de squames (poches non autonettoyantes) ; • la réversibilité, notamment lors des manœuvres de Valsalva, ou sa fixité en particulier à l'articulation incudostapédienne

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Séquelles des otites - Atélectasique

L'attitude thérapeutique doit retenir que les PR sont d'autant plus agressives qu'elles sur- viennent tôt dans la vie : • lorsque la PR est propre, stable et contrôlable, l'abstention chirurgicale est de mise : l'atti- tude associe une surveillance otoscopique régulière, le traitement des infections ororhino- pharyngées et sinusiennes, voire la mise en place d'un ATT si la poche paraît devoir évoluer ; • à l'opposé, toute PR incontrôlable, desquamante, a fortiori otorrhéïque (états précholestéa- tomateux) ou toute surdité transmissionnelle invalidante constituent une indication chirur- gicale de tympanoplastie (myringoplastie ± ossiculoplastie)

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Séquelles des otites

Otite atélectasique

  • Il s'agit dans tous les cas d'une surdité de type transmissionnel, allant de 10 à 40 dB de perte
  • La présence d'une otorrhée fétide constitue un signe de gravité qui témoigne de la surinfection d'une PR ; elle fait redouter l'évolution vers un cholestéatome.
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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Séquelles des otites -Otite fibroadhésive

Conséquence directe de l'inflammation chronique de la caisse du tympan, elle est caractérisée par un comblement de la caisse du tympan par du tissu fibreux entraînant la disparition de tout espace aérien résiduel, bloquant les osselets, ne laissant que quelques espaces remplis d'une glu épaisse.

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Séquelles des otites

L'audiométrie révèle une surdité de type mixte, l'atteinte de l'oreille interne étant caractéristique de l'évolution de l'otite fibroadhésive

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Séquelles des otites

L'otite fibro-inflammatoire est plus rare : l'espace virtuel de la caisse est remplacé par un tissu fibro-inflammatoire.

La surdité avoisine les 40 dB de perte, osselets et tympan sont noyés dans une gangue fibro-inflammatoire. Le scanner montre une opacité diffuse des cavités de l'oreille moyenne

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites
Cholestéatome 1. Pathogénie Le cholestéatome se définit par la présence dans l'oreille moyenne d'un épithélium malpighien kératinisé, doué d'un triple potentiel de desquamation, de migration et d'érosion, qui justifie pleinement le qualificatif de dangereux, classiquement attribué à cette otite chronique
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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Cholestéatome

Les formes acquises répondent à la théorie de la migration épithéliale. Celle-ci peut adopter quatre mécanismes différents : • migration directe à partir des berges d'une perforation tympanique marginale ; • migration en profondeur par prolifération papillaire des cellules de la couche basale de l'épithélium du CAE et de la membrane tympanique ; • implantation épithéliale d'origine traumatique à l'occasion d'une fracture du rocher ou postchirurgicale ; • rétraction et invagination de la membrane tympanique (états précholestéato- mateux des otites atélectasiques), cause la plus fréquente.

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Cholestéatome

Les formes congénitales sont plus rares. Leur topographie préférentielle dans le cadran antéro- supérieur du tympan trouve une explication pathogénique dans la persistance d'un reliquat épidermoïde normalement présent chez l'embryon entre la 10 e et la 30 e semaine de gestation (théorie de Mickaels)

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Cholestéatome

Clinique Les signes d'appel sont en général très insidieux : hypoacousie discrète, progressivement instal- lée et/ou otorrhée purulente, minime, fétide. Le cholestéatome peut être longtemps méconnu et se révéler par une complication : paralysie faciale, labyrinthite, méningite, abcès temporal ou cérébelleux, thrombophlébite du sinus latéral

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Cholestéatome

• paralysie faciale périphérique, labyrinthite ; • complications endocrâniennes : abcès cérébral, méningite, thrombophlébite du sinus laté- ral, otorrhée cérébrospinale (claire, parfois mêlée de sang ou de pus). Insistons sur la fistule périlymphatique par érosion du canal semi-circulaire latéral, suspectée devant l'appari- tion de vertiges avec signe de la fistule positif

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Cholestéatome

L'imagerie (scanner et/ou IRM avec techniques adaptées) permet de visualiser le cholestéa- tome sous la forme d'une hyperdensité de la caisse associée souvent à une lyse des parois de celle-ci (mur de la logette) et/ou à une lyse de la chaîne ossiculaire

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Cholestéatome

Le traitement est chirurgical : • éradication des lésions cholestéatomateuses qui peuvent diffuser plus ou moins dans le rocher, l'oreille interne, et atteindre les méninges ; • reconstruction et renforcement de la membrane tympanique pour éviter toute récidive ; • si possible reconstruction de la chaîne des osselets. Une surveillance régulière clinique et/ou radiologique (scanner ou IRM avec séquences adap- tées) postopératoire pendant au moins 10 ans est impérative, car quelques cellules laissées en place après la chirurgie peuvent se développer dans les mois ou années après la chirurgie (cholestéatome résiduel)

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Otite tuberculeuse

La tuberculose se propage à la caisse du tympan par voie tubaire ou lymphatique essentielle- ment, ou par voie hématogène quelquefois. Son diagnostic est difficile et doit être soupçonné devant : • l'évolution traînante d'une otite ; • une labyrinthisation (vertiges, surdité de perception) précoce et inexpliquée d'une otite ; • une otite avec paralysie faciale en l'absence de cholestéatome ; • un aspect otoscopique nécrotique, avec perforations tympaniques multiples. L'adénopathie préauriculaire est classique. Il faut alors rechercher les signes en faveur d'une infection tuberculeuse (contact, migrants, conditions de vie) et l'existence d'autres foyers (pulmonaire…)

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Complications des otites moyennes chroniques

Paralysie faciale périphérique C'est une paralysie de l'hémiface, portant sur les deux territoires du VII, avec signe de Charles Bell et quelquefois troubles du goût par atteinte du VII dans son trajet intrapétreux (2 e portion, tympanique, ou 3 e portion, mastoïdienne). Elle peut se manifester au cours d'une OMA apparemment banale : l'antibiothérapie, les cor- ticoïdes et la paracentèse suffisent en général pour entraîner la guérison

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Complications des otites moyennes chroniques - Labyrinthite

La forme mineure se manifeste par des vertiges, avec signe de la fistule — l'hyperpression ou la dépression d'air dans le conduit entraîne un vertige et un nystagmus

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Complications des otites moyennes chroniques - Labyrinthite

Elle doit être systématiquement soupçonnée lorsqu'un cholestéatome s'accompagne de vertiges. La TDM de l'oreille permet de visualiser la fistule. C'est une menace de complication grave, entraînant l'indication opératoire. Les troubles peuvent être alors réversibles

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Complications - labyrinthite

Dans la forme majeure, on observe une labyrinthite purulente se manifestant par un grand vertige, une surdité de perception profonde, des acouphènes, ainsi qu'un syndrome vestibu- laire déficitaire à l'examen.

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Complications otites

Il faut penser à examiner les oreilles dans toute méningite purulente apparemment primitive

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Complications otites

Abcès

L'abcès peut être extradural, sous-dural ou intracérébral (temporal ou cérébelleux). Son diag- nostic en est souvent difficile — aidé au moindre doute par la TDM éventuellement avec injection et/ou l'IRM —, c'est pourquoi la mortalité de ces affections reste encore élevée

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#147 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #ORL #Otites

Complications otites

Thrombophlébite du sinus latéral

  • La thrombophlébite du sinus latéral se manifeste par un syndrome d'hypertension intracrânienne fébrile. Son traitement est avant tout médical

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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie
La prise en charge thérapeutique initiale repose sur une antibiothérapie IV : • la plus précoce possible ; • probabiliste et argumentée sur des données épidémiologiques actualisées : – pneumocoque (S. pneumoniae) : chez le nourrisson (première bactérie avant 1 an) ; – méningocoque (N. meningitidis) : à tout âge ; • avec comme objectif premier la stérilisation rapide du LCR : – C3G injectables à dose méningée classique 200 mg/kg par jour si N. meningitidis ou H. influenzae b ; – C3G injectables à dose méningée renforcée 300 mg/kg par jour si S. pneumoniae
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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie
Ce qui distingue les méningites purulentes de l'enfant de celles de l'adulte : • une sémiologie clinique spécifique chez le nourrisson (hypotonie, geignements…) ; • la moindre fréquence des tableaux neurologiques aigus (signes neurologiques de localisation, crises épileptiques) ne justifiant que rarement une imagerie cérébrale après réalisation d'une hémoculture et début de l'antibiothérapie probabiliste ; • la nécessité d'un suivi d'au moins 1 an pour le dépistage d'une surdité sévère susceptible de bénéficier de nouvelles techniques d'implants cochléaires
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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie

Prévalence et principaux agents infectieux

  • L'incidence des méningites bactériennes est beaucoup plus élevée chez l'enfant que chez l'adulte

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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie

Prévalence et principaux agents infectieux

La mortalité et les séquelles sont très élevées dans les pays en voie de développement. Elles demeurent élevées également dans les pays industrialisés. En France, les méningites à pneumocoque ont, malgré le recours à des stratégies antibiotiques adaptées, une mortalité évaluée à 10 % et des séquelles chiffrées à 30 % en moyenne. Deux bactéries prédominent chez l'enfant (nouveau-nés exclus) :

  • Streptococcus pneumoniae : plus fréquent entre les âges de 2 et 12 mois
  • Neisseria meningitidis : plus fréquent après l'âge de 12 mois.

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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie

Pneumocoque (Streptococcus pneumoniae

Les méningites à pneumocoque sont plus fréquentes entre 2 et 12 mois de vie. Elles repré- sentent environ 60 % des méningites bactériennes à ces âges

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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie

Pneumocoque (Streptococcus pneumoniae)

En pédiatrie, la sensibilité parfois intermédiaire de S. pneumoniae aux bêtalactamines impose encore d'effectuer une détermination des CMI par la méthode du E-Test ® de la pénicilline, de l'amoxicilline mais aussi du céfotaxime ou de la ceftriaxone pour toutes les souches isolées

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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie

Méningocoque (Neisseria meningitidis)

Généralités N. meningitidis est une bactérie de portage du rhinopharynx. Le germe possède une capsule polyosidique déterminant son sérogroupe. Parmi les 12 séro- groupes, celui prédominant en France au cours des infections invasives à méningocoque est le B (2/3 environ), suivi du C (1/3 environ) puis du W135 (fréquence épidémiologique variable) et du Y. Les méningites à méningocoque sont fréquentes après 12 mois de vie. Elles représentent alors environ 60 % des méningites bactériennes.

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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie

Méningocoque (Neisseria meningitidis)

Cependant toutes les souches restent sensibles aux C3G avec des concentrations minimales inhibitrices (CMI) suffisamment basses.

De telles données valident le maintien d'un traitement en première intention par une C3G injectable (céfotaxime ou ceftriaxone). Celui-ci assurant l'éradication du portage de ce germe, il dispense en outre de prescrire chez l'enfant atteint un traitement complémentaire par la rifampicine.

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Autres germes

Le streptocoque du groupe B est le premier germe responsable des méningites chez les enfants âgés de moins de 2 mois ; il est constamment sensible à l'amoxicilline. E. coli est le second germe aux mêmes âges. Haemophilus influenzae b est actuellement exceptionnellement responsable de méningites depuis la généralisation en France de la vaccination anti-Haemophilus influenzae b

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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie
Redouter : le pneumocoque surtout avant l'âge de 1 an, le méningocoque à tout âge
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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie

Physiopathologie

L'envahissement des bactéries vers les espaces méningés et le LCR s'effectue quasi exclusi- vement par voie hématogène

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Physiopathologie

Étapes préalables à l'envahissement des espaces méningés (fig. 37.1) : • colonisation bactérienne : – des muqueuses nasopharyngées (pneumocoque, méningocoque) ; – des muqueuses digestives (streptocoque du groupe B, E. coli) ; • survenue d'une bactériémie élevée et prolongée, d'où : – la fréquente positivité des hémocultures (pneumocoque : 75 %, méningocoque : 40 %) ; – la nécessité d'une antibiothérapie précoce avec activité bactéricide systémique

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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie

Physiopathologie

• franchissement de la barrière hématoméningée par les bactéries : – le maintien d'un seuil critique des bactériémies apparaît comme un prérequis pour la traversée de la barrière hématoméningée par les pneumocoques ; – l'incidence de ce seuil est moins clairement établie pour le méningocoque ; • multiplication bactérienne lente dans le LCR ; – mais absence d'activité bactéricide naturelle dans le LCR (à la différence du sérum) ; – réponse de l'hôte par la production de cytokines par les cellules à activité macropha- gique in situ (TNFα, interleukines 1 et 6)

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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie

Physiopathologie

Objectifs du traitement : bactéricidie rapide dans le LCR et lutte contre l'inflammation méningée et l'œdème cérébral.

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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie

Données cliniques faisant suspecter le diagnostic

Chez le nourrisson

Points d'appel (parfois difficiles à identifier) : • fièvre élevée ; • signes d'infection potentiellement sévère : – teint pâle ou gris, caractère geignard, somnolence ; – cris et pleurs inhabituels à la mobilisation, hyper-irritabilité, inconsolabilité ; • refus alimentaire, vomissements ; • convulsions même brèves et apparemment isolées

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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie

Données cliniques faisant suspecter le diagnostic

Chez le nourrisson

Signes neurologiques à particulièrement rechercher : • bombement de la fontanelle antérieure (identifié en position assise en dehors des cris) ; • modification du tonus neurologique : – hypotonie de la nuque ; – ou raideur anormale à la mobilisation du rachis avec rejet de la tête en arrière ; • signes neurologiques de localisation

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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie
Évoquer le diagnostic de méningite chez un nourrisson fébrile geignard et hypotonique
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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie

Chez le grand enfant

Tableau clinique souvent proche de celui décrit chez l'adulte :

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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie
Évoquer le diagnostic de méningite chez un enfant ayant un syndrome méningé fébrile
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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie

Situations d'urgence à identifier

Signes de gravité hémodynamiques → sepsis sévère : • signes : tachycardie, TRC ≥ 3 s, marbrures, extrémités froides, anurie ; • urgence : remplissage vasculaire, contre-indication à la réalisation d'une PL.

Signes de gravité cutanés → purpura fulminans (voir chapitre 24) : • signes : purpura rapidement extensif et nécrotique (voir fig. 24.1, cahier couleur) ; • urgence : antibiothérapie par C3G IV/IM avant transfert en réanimation.

Signes de gravité neurologiques → HTIC, abcès ou empyème sous-dural : • signes : troubles de conscience, coma, convulsions ; • urgence : transfert en neurochirurgie, imagerie cérébrale préalable avant toute PL.

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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie
Le diagnostic ne peut être affirmé que par l'examen du LCR qui doit être fait en urgence. Aucun examen complémentaire systématique ne saurait retarder la pratique de la ponction lombaire. Toutefois, la PL est contre-indiquée en cas de purpura extensif ou de saigne- ment clinique, de troubles hémodynamiques ; ainsi qu'en cas d'hypertension intracrânienne
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Le fond d'œil, compte tenu des difficultés pratiques de sa réalisation en urgence ainsi que du retard d'apparition de l'œdème papillaire en cas d'œdème cérébral débutant, n'est pas utile avant la PL
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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie

Contextes exigeant de ne pas réaliser ou de différer la PL :

• le purpura fulminans et/ou une instabilité hémodynamique : → urgence = remplissage vasculaire et injection de C3G ;

• des signes évocateurs d'engagement cérébral : → urgence = hémoculture (si possible), injection de C3G et TDM cérébrale

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Interpréter le résultat d'un examen du LCR

Analyse cytologique : • nombre de cellules > 10/mm 3 (liquide trouble > 200/mm 3 ) ; • prédominance de PNN ou réaction panachée (PNN et lymphocytes) également possible, liée à la précocité de l'examen ; • un prélèvement traumatique peut « faussement » élever la cellularité

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Interpréter le résultat d'un examen du LCR

Analyse biochimique : • protéinorachie > 0,40 g/L ; • rapport glucose LCR/sang < 40 % de la glycémie (se = 80 %, spe = 90 %) : – nécessité absolue de doser la glycémie ; – une hypoglycorachie très basse serait un indice de mauvais pronostic ; • dosage des lactates dans le LCR > 3,2 mmol/L (parfois utile)

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Interpréter le résultat d'un examen du LCR

Examen microbiologique direct : • coloration de Gram : – sensibilité améliorée par concentration du LCR par cytocentrifugation ; – un inoculum > 10 5 bactéries/mL est nécessaire pour être visible à l'examen direct ; • résultat en 30 minutes mais dépendant du germe et de l'opérateur (positivité 90 % pour le pneumocoque et 70 % pour le méningocoque)

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Autres examens biologiques

Hémoculture Elle est systématique et permet d'isoler fréquemment la bactérie causale. Elle ne se substitue pas à l'examen du LCR qui permet à lui seul de porter le diagnostic de méningite

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Examens pouvant confirmer la bactérie causale (hors culture du LCR et hémocultures) :

• si examen du LCR négatif (cellularité sans germe au direct) : – test immunochromatographique BinaxNOW ® : détecte les molécules de polysaccha- rides C contenues dans toutes les souches de S. pneumoniae (excellente sensibilité) ; – PCR pneumocoque ou PCR méningocoque dans le LCR ;

• PCR méningocoque sérique (inutile si > 18 heures après le début du traitement) ;

• PCR méningococcique sur biopsie cutanée de lésion nécrotique en cas de suspicion de méningococcémie (intérêt majeur si examen du LCR négatif ou impossible)

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Examens systématiques recommandés : examen du LCR et hémoculture. PCR et biopsie cutanée des lésions purpuriques peuvent parfois permettre le diagnostic en cas d'examen du LCR négatif ou impossible
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Examens utiles à la prise en charge thérapeutique

La détermination du sérogroupe du méningocoque éventuellement isolé est le complément indispensable pour pouvoir instituer la prophylaxie vaccinale des sujets contacts.

Le ionogramme sanguin est surtout utile en cas de réduction de la diurèse afin d'authentifier une complication de type SIADH (sécrétion inappropriée d'hormone antidiurétique)

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Examens d'imagerie

L'imagerie cérébrale n'est pas un examen systématique.

Le scanner cérébral, au mieux l'IRM cérébrale, ne sont indiqués initialement qu'en cas de signes cliniques évocateurs d'engagement cérébral (voir supra) ou plus tard en cas d'évolution défavorable, à la recherche d'une complication abcédée précoce telle qu'un empyème cérébral (fig. 37.2) ou une thrombose vasculaire

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Critères d'admission en réanimation médicale (consensus) : • purpura extensif ; • instabilité hémodynamique ; • score de Glasgow ≤ 8 ; • signes neurologiques focaux, signes de souffrance du tronc cérébral ; • état de mal convulsif
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Si l'enfant n'est pas hospitalisé en réanimation, l'admission devra se faire en unité de sur- veillance continue pendant les 24 premières heures, à proximité d'un service de réanimation prévenu de l'état clinique de l'enfant
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Qui traiter ? En pratique, l'antibiothérapie s'impose : • dès la suspicion diagnostique en cas de signes de détresse vitale (instabilité hémodyna- mique, signes d'engagement cérébral) lorsque la PL doit être différée ; • dès la réalisation de la PL ou dès ses premiers résultats (aspect macroscopique, cellularité du LCR, examen microbiologique direct).

Si LCR purulent et germe au direct : • probable méningite bactérienne ; • antibiothérapie probabiliste en fonction de l'âge et du germe au Gram.

Si LCR clair avec cellularité > 10/mm 3 sans germe au direct : • possible méningite virale ; • pas d'antibiothérapie en l'absence de signes cliniques et/ou biologiques orientant vers une infection bactérienne

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Les autres critères classiques d'infection bactérienne méningée tels que l'hypoglycorachie franche avec ratio LCR/sérum < 0,4 ; l'hyperprotéinorachie (> 0,8 g/L), le syndrome infectieux biologique franc (hyperleucocytose ou leucopénie, élévation de la CRP ou de la PCT), sont utiles au diagnostic
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En particulier, aucun marqueur de l'inflammation n'a suffisam- ment de sensibilité et de spécificité dans ce contexte, même la PCT. En effet, lors d'un épisode infectieux bactérien, la réaction inflammatoire demande un délai et peut rester négative ou peu importante dans les premières heures (12 heures) d'évolution
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Comment traiter ?

Si le diagnostic de méningite à pneumocoque est suspecté (âge < 1 an, OMA puru- lente) ou confirmé (cocci Gram-positif à l'examen direct du LCR, BinaxNOW ® Streptococcus pneumoniae-positif) : • monothérapie IV = céfotaxime 300 mg/kg par jour répartie en quatre injections ; • durée de l'antibiothérapie IV : 10 à 15 jours

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Comment traiter ?

Si le diagnostic de méningite à méningocoque est suspecté (âge > 1 an, contage, purpura) ou confirmé (diplocoque Gram-négatif à l'examen direct du LCR) : • monothérapie IV = céfotaxime 200 mg/kg par jour répartie en quatre injections (ou cef- triaxone 100 mg/kg par jour) ; • durée de l'antibiothérapie IV : 4 à 7 jours.

Si le diagnostic de méningite à Haemophilus influenzae b est suspecté (bacille Gram- négatif à l'examen direct du LCR) : • monothérapie IV = céfotaxime 200 mg/kg par jour répartie en quatre injections (ou cef- triaxone 100 mg/kg par jour) ; • durée de l'antibiothérapie IV : 7 jours.

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Pneumocoque : C3G IV à doses méningées renforcées en monothérapie. Méningocoque : C3G IV à doses méningées classiques en monothérapie.
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Autres traitements

L'efficacité d'une corticothérapie est clairement démontrée au cours des méningites à Haemophilus influenzae b. Elle aurait également un possible bénéfice au cours des méningites à pneumocoque

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Autres traitements

En cas d'orientation vers un diagnostic de méningite à Haemophilus influenzae b ou à pneumo- coque suspecté (contexte et/ou nourrisson de moins de 1 an) ou confirmé (cocci Gram-positif à l'examen direct du LCR, BinaxNOW ® Streptococcus pneumoniae-positif), la prescription de dexaméthasone IV 0,15 mg/kg/6 heures est recommandée de manière simultanée ou au plus tard dans l'heure suivant le début de l'antibiothérapie

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Autres traitements

Pas de traitement anticonvulsivant en prévention primaire

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Suivi de l'enfant

Paramètres cliniques et biologiques : • hémodynamique (FC, TRC, PA) ; • température : retour à l'apyrexie le plus souvent en 48 heures (chez le nourrisson) ; • examen neurologique : conscience (Glasgow), mesure du PC (nourrisson) ; • NFS, CRP, PCT : caractère parfois durable du syndrome inflammatoire

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Suivi de l'enfant

Imagerie cérébrale (consensus 2008) : • indiquée à H48-H72 en cas d'évolution clinique défavorable ; • recommandée en cas de méningite à germe inhabituel.

Examen du LCR de contrôle (consensus 2008) : • inutile en cas d'évolution clinique rapidement favorable ; • indiqué à H48-H72 en cas d'évolution clinique défavorable, après imagerie cérébrale si permanence des anomalies neurologiques

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Examen du LCR de contrôle

• recommandé à H48 d'antibiothérapie en cas de méningite à pneumocoque avec CMI aux C3G > 0,5 mg/L, ou en cas de méningite à germe inhabituel

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Risques pendant la phase initiale d'évolution

Échec de l'antibiothérapie initiale Une évolution clinique défavorable est définie par la persistance au-delà de 48–72 heures après le début du traitement de : fièvre > 38,5 °C, troubles de conscience, céphalées importantes

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Risques pendant la phase initiale d'évolution

Survenue de complications (possibles malgré l'antibiothérapie) Une défaillance hémodynamique peut survenir pendant les premières 24 heures malgré le trai- tement antibiotique. Cela justifie la surveillance rapprochée en unité de surveillance continue ou en réanimation

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Suivi à long terme et pronostic

La méningite à pneumocoque est la première cause de surdité acquise chez le nourrisson

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Suivi à long terme et pronostic

Éléments à évaluer au cours du suivi : • une surdité acquise : – audiométrie comportementale et potentiels évoqués auditifs (PEA), audiogramme conventionnel (à l'âge où celui-ci est possible) ; – à J15 de l'épisode aigu, puis tous les 3 mois pendant 1 an ; – en cas d'hypoacousie précoce : consultation ORL, TDM des rochers et IRM labyrinthique (dépistage d'une ossification intracochléaire susceptible de justifier la mise en place d'implants cochléaires)

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Suivi à long terme et pronostic

Éléments de mauvais pronostic : • le retard à la mise en route d'un traitement antibiotique bactéricide ; • l'âge : nourrisson ; • le germe causal : pneumocoque ; • la gravité du tableau neurologique initial : coma, signes neurologiques de localisation ; • l'existence d'un collapsus associé (choc septique) ; • la faible réaction cellulaire, l'hypoglycorachie, l'hyperprotéinorachie (LCR)

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Suivi à long terme et pronostic

Une infection sévère et invasive (donc une méningite) à bactéries encapsulées (pneumocoque, méningocoque et H. influenzae b), même au terme d'un épisode unique, doit conduire à une exploration de son immunité (voir chapitre 26).

Le dosage du complément doit impérativement être effectué en cas d'infection invasive à méningocoque.

Une méningite bactérienne récidivante (pneumocoque) doit faire rechercher systématiquement une brèche méningée

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Mesures préventives

Actions pour réduire la survenue de cas secondaires (selon les bactéries) : • antibioprophylaxie des sujets contacts (méningocoque quel que soit son sérogroupe, Haemophilus influenzae b) ; • vaccination des sujets contacts (méningocoque A, C, W ou Y) ; • déclaration obligatoire (infections invasives à méningocoque)

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Méningite à méningocoque

Isolement en milieu hospitalier

Il s'agit d'un isolement de type « gouttelettes » pendant les 24 premières heures de traitement pour éviter la contagion. Au-delà, l'isolement en chambre seule se justifie pour garantir la tranquillité du patient (bruit, lumière)

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Méningite à méningocoque

Antibioprophylaxie des sujets contacts

Objectifs de l'antibioprophylaxie : • éliminer le portage chez les sujets exposés aux sécrétions oropharyngées de l'enfant atteint ; • prévenir la diffusion dans la population d'une souche pathogène par des porteurs sains. Le risque de survenue d'une infection invasive méningococcique (IIM) est multiplié par 800 chez les sujets contacts d'une IIM par rapport au taux de base de la population.

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Méningite à méningocoque

Rationnel de l'antibioprophylaxie : • elle concerne les sujets contacts définis ainsi : sujets exposés aux sécrétions oropharyngées du sujet infecté dans les 10 jours précédant son admission.

Cette définition couvre essen- tiellement l'entourage familial du cas, la crèche, les camarades de classe et de jeu.

Dans les autres circonstances, l'évaluation du risque doit prendre en compte : la proximité (distance < 1 mètre), le type de contact (face à face), la durée (> 1 heure, sauf contact bouche à bouche)

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Méningite à méningocoque

Antibioprophylaxie

Modalités pratiques : • elle doit être administrée rapidement : – dans les 24–48 heures suivant le diagnostic d'infection invasive à méningocoque ; – aucune utilité au-delà de 10 jours après le dernier contact avec le malade ; • la molécule de choix est la rifampicine par voie orale pendant 2 jours

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Méningite à méningocoque

Antibioprophylaxie

– nouveau-né : 5 mg/kg/12 heures, nourrisson et enfant : 10 mg/kg/12 heures, adulte : 600 mg/12 heures ; – en informant de la coloration orange des urines et des sécrétions lacrymales (porteurs de lentilles de contact) et de l'interaction avec l'activité des contraceptifs oraux

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Méningite à méningocoque

Vaccination

Elle est réalisée de manière concomitante à l'antibioprophylaxie, selon les mêmes conditions (définition des sujets contacts, délai maximal de 10 jours).

Seule la vaccination contre les méningocoques des sérogroupes A, C, Y et W est possible (dans les conditions prévues par l'instruction du 24 juin 2011).

L'utilisation de vaccins polyosidiques conjugués doit être privilégiée : • vaccin méningococcique C conjugué monovalent en cas d'infection invasive à méningo- coque du sérogroupe C ; • vaccin tétravalent conjugué (ou A/C/Y/W135) en cas d'infection invasive à méningocoque liée à l'un de ces sérogroupes chez les enfants âgés de plus de 1 ou 2 ans selon les AMM des vaccins.

La vaccination contre le sérogroupe B majoritaire en France (deux tiers des cas) n'est pas recommandée autour des cas sporadiques en France (vaccin protéique Bexsero ® ). Elle est réser- vée aux situations particulières (grappes de cas et épidémies)

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Méningite à méningocoque

Déclaration obligatoire

L'infection invasive à méningocoque est une pathologie infectieuse à déclaration obligatoire. Le signalement est une procédure d'urgence et d'alerte. Il doit être effectué sans délai par téléphone ou télécopie auprès du responsable de la veille sanitaire de l'ARS. Cette procédure permet à l'ARS d'identifier les sujets contacts, d'évaluer les mesures de pro- phylaxie, d'organiser leur mise en œuvre, et de s'assurer qu'elles sont effectives. Les signalements transmis à l'ARS sont ensuite dirigés vers l'InVS pour le suivi épidémiologique

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Méningite à Haemophilus influenzae b

Il n'existe pas de recommandation officielle en France.

Mesures préventives à envisager : • l'isolement est recommandé pendant les premières 24 heures de traitement par l'Académie Américaine de Pédiatrie (Red Book, 2009) ; • l'antibioprophylaxie chez l'enfant malade en relais du traitement curatif est discutée (rifam- picine pendant 4 jours) ; elle est considérée comme nécessaire en cas de vaccination incom- plète chez les sujets contacts âgés de moins de 4 ans ; • le calendrier vaccinal doit être complété le cas échéant chez le sujet malade et les sujets de son entourage âgés de moins de 5 ans et non ou incomplètement vaccinés ; • elle ne fait pas l'objet d'une déclaration obligatoire

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Méningite à pneumocoque : aucune mesure prophylactique pour les sujets contacts
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Méningites virales (souvent appelées à tort méningites « à liquide clair »)

Elles sont les plus fréquentes des méningites infectieuses chez l'enfant. Les agents responsables les plus fréquents sont les entérovirus (dont les échovirus). Le diagnostic est porté devant l'identification d'un LCR d'aspect optique non purulent (translucide, parfois opalescent) avec une réaction cellulaire modérée (habituellement < 500 éléments/mm 3 ), de formule lym- phocytaire ou panachée (50–100 % de lymphocytes), demeurant stérile à la culture

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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie

Méningo-encéphalites infectieuses

Elles sont aussi essentiellement d'origine virale.

On distingue classiquement les formes avec réplication virale active (typiquement la méningo-encéphalite herpétique) des formes post-infectieuses (ou ADEM), les plus fréquentes et dans lesquelles l'encéphalite est consécutive à une réaction inflammatoire causée par le passage initial et transitoire de l'agent infectieux

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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie

Méningites infectieuses non purulentes

Généralités

Les méningites infectieuses non purulentes sont avant tout d'origine virale : • entérovirus dont virus échovirus (surtout) ; • entérovirus de type coxsackie virus (plus rare) ; • mais aussi : HHV6, virus de la varicelle et du zona, virus EBV ou ourlien ; • en redoutant toujours : HSV (à évoquer systématiquement en cas d'atteinte encéphalique sévère).

Des bactéries sont plus rarement en cause : • BK : méningite tuberculeuse (enfants immigrés ou immunodéprimés) ; • Listeria (exceptionnel)

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Étiologie fréquente chez l'enfant : méningite virale à entérovirus
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Méningites infectieuses non purulentes

Données évocatrices de méningite virale à entérovirus : • contexte épidémique : plusieurs cas en collectivité ; • caractère saisonnier : été, début d'automne ; • âge : le plus souvent entre 5 et 14 ans ; • manifestations cliniques associées : éruptions, diarrhées, algies diffuses

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Méningites infectieuses non purulentes

La situation d'urgence demeure le diagnostic de (méningo-)encéphalite herpétique, en raison de son pronostic redoutable

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Méningites virales - Examen du liquide céphalorachidien

Analyse macroscopique : • liquide clair ; • liquide parfois opalescent (en cas de forte cellularité, ex : virus ourliens)

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Méningites virales - Examen du liquide céphalorachidien

Analyse cytologique : • nombre de cellules habituellement entre 50 et 1 500/mm 3 ; • formule lymphocytaire ou panachée : 50–100 % de lymphocytes ; • formule initiale parfois trompeuse chez l'enfant en cas de diagnostic précoce : prédomi- nance de PNN

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Méningites virales - Examen du liquide céphalorachidien

Analyse biochimique : • protéinorachie normale ou peu augmentée : 0,40–0,60 g/L ; • normoglycorachie le plus souvent (hypoglycorachie évocatrice d'une cause bactérienne)

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Méningites infectieuses non purulentes

Autres examens à visée diagnostique

Intérêt complémentaire d'orientation vers une cause virale : • NFS, CRP : hyperleucocytose et élévation de la CRP habituellement absentes ou modérées ; • PCT < 0,5 ng/mL (meilleur marqueur distinctif entre méningite bactérienne et méningite virale mais non absolu) ; • dosage des lactates dans le LCR < 3,2 mmol/L (rarement effectué) ; • hémoculture : souvent pratiquée

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Méningites infectieuses non purulentes

Examens susceptibles d'argumenter le virus causal (dans le LCR) : • dosage de l'interféron alpha en faveur d'une origine virale ; • PCR entérovirus en cas d'orientation clinique ; • PCR HSV en cas de signes encéphalitiques.

Le recours à la PCR ARN 16S peut être, en cas de disponibilité, utile pour éliminer une origine bactérienne devant un tableau supposé de méningite « décapitée » (méningite bactérienne partiellement traitée par antibiotiques)

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Méningites infectieuses non purulentes

En cas de suspicion d'encéphalite herpétique, un traitement par aciclovir IV doit être com- mencé avant même l'imagerie cérébrale (et donc la PL)

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Méningites infectieuses non purulentes

L'hospitalisation n'est pas systématique (gestion ambulatoire possible en cas de forme bénigne, sans hésitation diagnostique avec une méningite bactérienne ou une encéphalite)

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Méningites infectieuses non purulentes

En cas d'orientation très évocatrice de méningite virale commune : – traitement symptomatique : repos, antalgiques, hydratation, antiémétiques ; – surveillance clinique. En cas de doute ou d'orientation vers : – une méningite bactérienne : antibiothérapie probabiliste IV orientée selon l'âge ; – une encéphalite herpétique : aciclovir IV

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Méningites infectieuses non purulentes

L'apyrexie est obtenue en moins de 7 jours, souvent en moins de 48 heures pour les ménin- gites à entérovirus

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#immutable #python-for-data-science #python-objects
The command here, x equals hello-- we'll build an object just like we're used to. In this case, the object is a string, and strings in Python, similar to languages like Java, are immutable. Which means they can't be changed.
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Méningo-encéphalites infectieuses

Les encéphalites désignent une atteinte du parenchyme cérébral. Elles sont fréquemment associées à une réaction inflammatoire, volontiers modérée, du LCR (méningo-encéphalite)

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Méningo-encéphalites infectieuses

Les méningo-encéphalites infectieuses partagent des causes virales identiques à celles des méningites virales (entérovirus essentiellement et HHV6, virus de la varicelle et du zona, virus EBV ou virus ourlien). Il peut exister ainsi un continuum entre un tableau de méningite de type viral isolé et un tableau évocateur de méningo-encéphalite

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Méningo-encéphalites infectieuses

ADEM, Acute Disseminated Encephalo-Myelitis.

Ces formes ADEM sont les plus fréquentes et l'on considère que l'agent infectieux initial, le plus souvent viral, a induit lors de son passage transitoire une réaction inflammatoire au sein du parenchyme cérébral de l'hôte qui devient pathologique et est responsable de l'encéphalite. L'agent déclencheur n'est alors plus présent et n'est d'ailleurs, le plus sou- vent, pas identifié.

Ce mécanisme explique pourquoi, dans ces formes, ce sont surtout les médicaments anti-inflammatoires (corticoïdes notamment) qui s'avèrent efficaces plutôt que les antiviraux

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Méningo-encéphalites infectieuses

Agents pathogènes impliqués dans les méningo-encéphalites : • HSV (pas le plus fréquent mais à évoquer en premier lieu en raison de sa gravité) ; • VZV, entérovirus, adénovirus, HHV6, grippe, EBV, CMV ; • certaines bactéries peuvent entraîner également une encéphalite : Lyme, mycoplasme, Bartonella henselae (griffes du chat), Listeria, BK ; • d'autres agents infectieux doivent être recherchés en fonction du contexte, notamment : Plasmodium falciparum (neuropaludisme), VIH, virus chikungunya

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Méningo-encéphalites infectieuses

Enquête clinique

Données cliniques évocatrices d'une atteinte encéphalitique : • troubles variables de la conscience, fluctuants ou prolongés (voir chapitre 70) ; • crises convulsives (parfois état de mal épileptique) ; • modifications du comportement, troubles mnésiques et/ou du langage ; • signes de localisation neurologique focaux, syndrome pyramidal ; • troubles de l'équilibre, atteinte des paires crâniennes ; • troubles hémodynamiques

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Méningo-encéphalites infectieuses

L'étiologie herpétique doit être évoquée en premier et conduire à la prescription en urgence d'aciclovir IV, avant même tout examen paraclinique de confirmation diagnostique

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Tableau clinique d'encéphalite → aciclovir IV en urgence
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Méningo-encéphalites infectieuses

Examen du LCR

Analyses macroscopique, cytologique et biochimique : • en cas de méningo-encéphalite herpétique : liquide clair avec pléiocytose modérée à pré- dominance lymphocytaire et hyperprotéinorachie modérée ; • en cas d'encéphalite post-infectieuse : liquide clair avec cellularité modérément élevée voire normale, surtout au début de l'évolution

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Méningo-encéphalites infectieuses

Autres examens sur le LCR susceptibles d'argumenter l'étiologie : • PCR HSV (indispensable) et dosage d'interféron ; • ± selon le contexte (PCR, principalement) : – VZV, entérovirus, adénovirus, HHV6, grippe, EBV, CMV, VIH, chikungunya ; – Lyme, mycoplasme, Bartonella henselae (griffes du chat), Listeria, BK

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Méningo-encéphalites infectieuses

Examens d'imagerie

L'imagerie cérébrale est un examen indispensable en cas de signes évocateurs d'encéphalite, ne devant différer la PL qu'en cas d'HTIC menaçante ou suspicion de processus expansif intracrânien. Elle ne doit pas pour autant retarder l'instauration du traitement probabiliste par aciclovir IV, qui doit ainsi être commencé avant même l'imagerie cérébrale (et donc la PL)

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Méningo-encéphalites infectieuses

Dans les formes post-infectieuses (ADEM), l'IRM peut montrer des hypersignaux de la subs- tance blanche (et/ou grise), le plus souvent bilatéraux et asymétriques. L'aspect des lésions n'est corrélé ni avec la sévérité clinique ni avec le pronostic évolutif. Une IRM normale n'élimine pas le diagnostic d'encéphalite. L'IRM doit être préférée au scan- ner, moins sensible et plus tardif

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Méningo-encéphalites infectieuses

Électroencéphalogramme (EEG)

L'EEG peut mettre en évidence un tracé évocateur d'encéphalite, avec un aspect ralenti avec parfois des ondes lentes périodiques et/ou des pointes-ondes fronto-temporales. Un EEG normal n'élimine pas le diagnostic d'encéphalite

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Méningo-encéphalites infectieuses

Prise en charge thérapeutique

L'hospitalisation est indispensable. Mesures thérapeutiques urgentes : • monitoring cardiorespiratoire, voies veineuses périphériques ; • traitement antiviral probabiliste : aciclovir 500 mg/m 2 /8 heures IV ; • traitement symptomatique : antipyrétiques, antiépileptiques si convulsions

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Méningo-encéphalites infectieuses

Aucun examen paraclinique ne doit retarder la mise en route de l'aciclovir IV. Ce traitement pourra être arrêté en cas de négativité d'au mieux deux PCR HSV dans le LCR à 48 heures d'intervalle. Dans le cas contraire, il doit être poursuivi pendant une durée de 15 à 21 jours

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#method #python-for-data-science #python-objects
To call a method in Python, we use just a period after the variable name, the method name, and any parameters to send to the method.
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#148 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Méningites #Pédiatrie

Méningo-encéphalites infectieuses

Le pronostic d'une encéphalite est difficile à prévoir. Dans les formes post-infectieuses, la guérison sans séquelles n'est pas rare, de manière spontanée ou après un traitement anti- inflammatoire s'il s'avère nécessaire. Le pronostic d'une méningo-encéphalite herpétique est fonction avant tout de la précocité du traitement par aciclovir IV. La mortalité à la phase aiguë est élevée. Le risque de séquelles cognitives est également important

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[unknown IMAGE 5009064987916] #change #has-images #python-for-data-science #python-objects
If we want to change x so it has all lowercase letters, we'd have to do this. First, we have to declare x like we did before, now we're gonna say, x equals x dot lower. To understand this, we'll work this through just a little bit more step by step. When we call x dot lower, it returns a new string object, which is a copy of the original, with all the letters lowercase. For now, we can visualize that by adding this new object with a lower case hello to our memory diagram. Next, let's focus on the assignment of x. By saying x equals x dot lower, we set x to point to the object created by the method lower, like this. So after hooking up x to point to the new object with lower case hello, x should now have a value of a lower case hello.
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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Bactéries les plus fréquentes au cours des infections

Cocci Gram-positifs : • diplocoques et chaînettes : streptocoques ; • diplocoques lancéolés : pneumocoques ; • diplocoques et amas : staphylocoques.

Cocci Gram-négatifs : diplocoques en grain de café : méningocoques.

Bacilles Gram-négatifs : • entérobactéries (Escherichia coli, Klebsiella spp., salmonelles) ; • Haemophilus influenzae ; • Bordetella pertussis.

Bacilles Gram-positifs : Listeria monocytogenes

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Bactéries les plus fréquentes au cours des infections

Cultures Rendu de l'examen : 24 à 48 heures après la mise en culture du prélèvement.

Fréquence de positivité des hémocultures : • méningites purulentes : méningocoque = 40 %, pneumocoque = 75 % ; • pyélonéphrites aiguës (si âge ≤ 3 mois) : 10 % ; • pneumonies : < 10 %.

Seuil de détection à l'examen direct (ECBU, LCR) ↔ ≥ 104 UFC/mL à la culture

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Bactéries les plus fréquentes au cours des infections

Antibiogramme et concentration minimale inhibitrice (CMI)

Rendu de l'examen : 24 heures après l'obtention d'une culture

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

La CMI est la plus faible concentration d'antibiotiques inhibant toute culture visible en 18–24 heures.

Une souche est dite : • sensible (S) lorsque la CMI est inférieure à la concentration sérique obtenue à la suite d'administration d'une posologie usuelle ; • résistante (R) lorsque la CMI est supérieure à la concentration sérique obtenue après admi- nistration d'une posologie maximale ; • entre les deux valeurs, la souche est dite intermédiaire (I) : une efficacité thérapeutique peut cependant être envisagée dans des situations particulières où la bactérie peut être atteinte par un traitement local, ou par une augmentation de la dose usuelle ou grâce à une concentration physiologique particulière

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Bactéries les plus fréquentes au cours des infections

La mesure de la CMI par bandelettes E-test ® est plus précise et plus rapide. Elle peut être effec- tuée sur demande auprès du laboratoire, uniquement pour les liquides normalement stériles

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Résistance et données épidémiologiques actualisées

Deux types de résistance :

• naturelle : par exemple, mycoplasmes et bêtalactamines (absence de paroi) ;

• acquise : par exemple, pneumocoque et pénicilline (diminution d'affinité des protéines de liaison à la pénicilline, ou PLP

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Résistance et données épidémiologiques actualisées

BLSE

La surconsommation d'antibiotiques est responsable de l'émergence croissante d'entéro- bactéries digestives productrices de bêtalactamases à spectre étendu (BLSE) dont la diffusion actuelle en milieu communautaire constitue un grave problème de santé publique.

Elles sont désormais parfois retrouvées au cours des infections urinaires communautaires (E. coli) du nourrisson et de l'enfant (5–10 %). Parmi les antibiotiques utilisés, les plus sélectionnants sont les céphalosporines

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[unknown IMAGE 5009094872332] #has-images #python-for-data-science #variables
To arrive at the answer, let's trace through our memory diagram step-by-step. First, we declared x equals seven, which means that x now points to a PyIntObject which stores the value seven. When we say y equals x, this assign y to point to the same object as x. They both are currently seven. When we set x to be three, that causes a new PyIntObject to be created and x is assigned the value three. For those of you mathematicians out there, the equal sign could be problematic in programming. Y equals x in the second line of this code, doesn't mean that y and x have a permanent relationship. It just means assign y to point to the same thing as x. So when x changes to point to something else in line three, when it points to now this new object at the value of three, y doesn't change. Let's keep going. We now print x and y, and we get back three and seven.
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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Prescription et surveillance des antibiotiques chez l'enfant

Avant de prescrire un traitement antibiotique, répondre aux questions suivantes :

1. Quel est le tableau clinique ? Celui-ci représente-t-il une indication d'antibiothérapie ?

2. Quel est le germe cible (au maximum deux germes) ?

3. Quelle est la sensibilité actuelle habituelle aux antibiotiques pour ce germe ?

4. Quels sont les antibiotiques qui ont les meilleurs critères pharmacocinétiques-pharmacody- namiques (PK/PD) prédictifs d'efficacité ?

5. Parmi les antibiotiques retenus, quel est celui qui a le pouvoir sélectionnant de résistance le plus faible (éviter, si possible, les céphalosporines) ?

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Prescription et surveillance des antibiotiques chez l'enfant

Pour les bêtalactamines (céphalosporines et pénicillines), le paramètre PK/PD qui est le mieux corrélé à une efficacité in vivo, est le pourcentage de temps pendant lequel la concentration sérique est supérieure à la CMI (T > CMI 24h ). Ces antibiotiques sont dits « temps-dépendants ».

Pour des infections non sévères (par exemple otite), le critère PK/PD prédictif d'efficacité est un T > CMI 24h supérieur à 40 %.

Pour des infections plus sévères comme les méningites bac- tériennes, un T > CMI égal à 100 % doit être obtenu

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Prescription et surveillance des antibiotiques chez l'enfant

Dans certaines situations, un antibiotique déclaré sensible vis-à-vis d'un germe à l'an- tibiogramme pourra être inefficace in vivo si ses paramètres PK/PD sont insuffisants. Ainsi, E. coli peut être sensible à l'amoxicilline et/ou l'association amoxicilline + acide clavulanique sur un antibiogramme mais leur T > CMI étant inférieur à 40 %, ces deux antibiotiques ne peuvent pas être choisis pour le traitement d'une pyélonéphrite aiguë

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Connaître les principaux effets indésirables (allergie à la pénicilline)

L'allergie immédiate (anaphylaxie) vraie est très rare. Elle survient habituellement moins de 1 heure après la prise des antibiotiques, avec des signes principalement cutanés (urticaire, angio-œdème) mais parfois aussi respiratoires (bronchospasme), digestifs (diarrhée) et hémo- dynamiques, pouvant mettre en jeu le pronostic vital

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Connaître les principaux effets indésirables (allergie à la pénicilline)

Elle est à différencier des réactions maculopapuleuses bénignes, transitoires et différées de plusieurs jours après le début du traitement, notamment en fin de traitement, ne contre- indiquant pas l'utilisation de céphalosporines sans nécessité d'exploration allergologique pré- alable

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[unknown IMAGE 5009125018892] #has-images #loops #python-for-data-science
In the top here we have some code from C. But this probably looks familiar to anyone who knows Java or C++ as well. What's the equivalent code in Python? Overall the syntax is pretty similar. But there are some differences. Particularly with the for loop itself. But first let's notice that our print statement here is indented. Indenting in Python is the same as putting a block of code in brackets in C++ or Java. If you're new to Python this lack of brackets becomes second nature pretty quickly. Second notice that we've combined the start, i equals zero and the end i is less than 10 into one part of the loop right at the end. Let's look at how this range function works. Range returns the values between start and stop. For the start parameter range is inclusive. So we'll start with zero. For the end parameter it's exclusive so it'll stop at one fewer than 10 or nine. It will increase by the value in step or it will just default to one. So as a result this call to range will give us the values zero through nine.
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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Connaître les principales résistances bactériennes en pédiatrie

S. pneumoniae et résistance aux bêtalactamines : mutation des protéines de liaison aux pénicillines

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Connaître les principales résistances bactériennes en pédiatrie

• S. aureus et résistance à la méticilline (pénicillines M) : méticillinase.

• Entérobactéries et résistance aux céphalosporines : bêtalactamases/céphalosporinases, en particulier à spectre étendu (BLSE)

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Connaître les recommandations de prise en charge des enfants porteurs ou susceptibles de porter des bactéries hautement résistante

Exemples de bactéries hautement résistantes (BHR) :

• entérocoques résistants à la vancomycine (ERV) ;

• entérobactéries productrices de carbapénémases (EPC)

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Connaître les recommandations de prise en charge des enfants porteurs ou susceptibles de porter des bactéries hautement résistante

Quels enfants et quel dépistage ? • enfants ayant des antécédents d'hospitalisation dans les zones à risques au cours des 12 mois précédents ou ayant reçu des antibiothérapies multiples et prolongées ; • dépistage dès l'admission (écouvillonnage rectal ou prélèvement de selles)

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Connaître les recommandations de prise en charge des enfants porteurs ou susceptibles de porter des bactéries hautement résistante

Mesures générales :

• signalement en interne (direction, CLIN) et aux autorités sanitaires (CCLIN, ARS, InVs) de tous les enfants (et familles) porteurs de BHR ;

• renforcement d'isolement des enfants porteurs de BHR : – sectorisation avec personnel dédié : – des enfants « porteurs » ; – des sujets contacts (enfants pris en charge par la même équipe soignante que l'en- fant porteur) ; – sectorisation des nouveaux patients indemnes

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[unknown IMAGE 5009142320396] #has-images #loops #python-for-data-science
For completeness sake I want to point out that we can do the same thing a while loop. Which may prove valuable in scenarios when we don't know when the condition will finish or when the increment is more complex. The while loop has the standard components you'd expect. Here we have the setup i equals two, the condition to test which will cause the loop to continue as long as it remains true, and the updating of a variable which is part of the loop condition.
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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Recommandations d'éviction

pour les étudiants : le retour d'un enfant malade en collectivité n'est sous-tendu à la pres- cription d'antibiotiques que dans de rares cas (infections à streptocoque du groupe A, coqueluche, shigelles)

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Recommandations d'éviction

Dans ces cas précités seulement, la collectivité peut exiger une preuve que l'antibiotique a bien été prescrit (copie d'ordonnance) ou des examens faisant preuve de la négativité des examens bactériologiques (Escherichia coli entérohémorragiques ; shigelles).

La collectivité est, dans tous les autres cas, infondée à exiger des certificats de non-contagion que les médecins traitants doivent s'abstenir de rédiger

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Recommandations d'éviction

La fréquentation de la collectivité à la phase aiguë d'une maladie infectieuse n'est pas souhai- table en toutes circonstances

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Recommandations d'éviction

Angine streptococcique

Éviction pendant 2 jours après le début de l'antibiothérapie

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Recommandations d'éviction

Coqueluche

Éviction pendant 5 jours après le début de l'antibiothérapie par macrolides (réduit à 3 jours avec l'azithromycine)

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Recommandations d'éviction

Gale commune

Éviction 3 jours après le début du traitement

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Recommandations d'éviction

GEA à E. coli entérohémorragiques,
GEA à shigelles

Éviction jusqu'à présentation d'un certificat médical attestant de 2 coprocultures négatives à au moins 24 h d'intervalle (coprocultures effectuées au moins 48 h après l'arrêt de l'antibiothérapie)

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Recommandations d'éviction

Impétigo étendu

Éviction pendant 3 jours après le début de l'antibiothérapie (si indiquée) Pas d'éviction si lésions limitées, protégées

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Recommandations d'éviction

Rougeole

Éviction pendant 5 jours après le début de l'éruption

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Recommandations d'éviction

Scarlatine

Éviction pendant 2 jours après le début de l'antibiothérapie

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Recommandations d'éviction

Teigne du cuir chevelu

Éviction jusqu'à présentation d'un certificat médical de non-contagiosité

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Recommandations d'éviction

Tuberculose

Éviction jusqu'à présentation d'un certificat médical de non-contagiosité (non bacillifère)

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#173 #Cours #Facultaires #Maladies-infectieuses-et-tropicales #Médecine #Pédiatrie #Spécificités

Recommandations d'éviction

Varicelle

Pas d'éviction (avis médical pour les sujets à risque non immunisés)

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[unknown IMAGE 5009187409164] #conditions #has-images #if-statement #python-for-data-science
If you want to know if a value is even you just test to see if the remainder from dividing that value by two, is zero. Let's look now at the parts of that if statement in Python, in detail. The keyword for the conditional 'if' starts the line. And that's the one in blue. I modulo two equals zero, in green, is the condition, which resolves to a boolean either true or false. And the colon, in orange, says to execute the statements indented after this line, should that condition be true.
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[unknown IMAGE 5009191603468] #conditions #elif #else-if #has-images #python-for-data-science
If I modulo three isn't zero, we next test to see if it's equal to one using 'else if'. Notice that 'else if', from other languages, translates to 'e-l-i-f' in Python.
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[unknown IMAGE 5009203399948] #functions #has-images #python-for-data-science
First, def is a key word to denote that you're defining a function here. The first line overall says that you are defining a function: my_abs, which takes an input value, variable val. Notice that neither the return type nor the type of the input parameter are defined. This has some advantages and disadvantages. The advantage is you don't need to write a my_abs function for ints, another for doubles, another for floats, and so on. The disadvantage is you would try to call my_abs and pass it, say a string, and that could cause problems. There may also be some issues with the expected return type.
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[unknown IMAGE 5009207594252] #functions #has-images #problem-with-argument-type #python-for-data-science
I'll try to pass the function string high, as an argument. In a tight compile language like C or Java, the compiler would have caught the tight mismatch, and we wouldn't have been allowed to pass a string to a function expecting a numeric argument. But in Python, this problem doesn't come up until run time, when Python can't find a way to compare a string to an int, and when I try to run this Python code, this is the output that we get.
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[unknown IMAGE 5009211788556] #functions #has-images #python-for-data-science #returning-nothing
Here I've changed our function to print the absolute value of the parameter instead of returning the absolute value. What do you think will happen when this runs? This is a bit tricky, so pause, take a moment to think about it, and come back. You may have predicted running the code would produce an error because we try to assign x to be the output from the function, and this new function doesn't return anything. But it turns out that if a function doesn't return anything, it effectively returns none in Python. Since we can assign a variable to none, this code still runs just fine, though you may have wanted x to have a value, not none.
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[unknown IMAGE 5009216769292] #functions #has-images #passed-by-value #python-for-data-science
What do we think this code will do? Again, pause, think about it, make a prediction, then we'll talk it through. The output here is 7. If you guessed 8, don't worry. This is a really common misconception. Let's talk this through. First, x is assigned to the value is 7. This translates to a variable x being created which points to an integer object with a value of 7. Next, we'll call the Python function in current value. Increment value is given, x is an argument. So when we call inc_val, a new variable, val, is created. Val is going to point to the same int object as x. This is what we mean by copying the reference, copied by value. Val and x are not the same variable. Val is just a copy of the pointer which means that it points to the same thing as x. Now, let's look at val being assigned to be val + 1. This operation will cause val to be reassigned to point to a new PyIntObject with a value of 8. Notice x hasn't changed here at all. When the function inc_val finishes, the temporary variable val, which was created just for the function, will go away. Now we're left with just x. So when we go to print x, we'll then get back the value 7, which is just what we would expect.
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[unknown IMAGE 5009226730764] #function-quiz-2 #has-images #python-for-data-science
In this last quiz we asked what is printed when we ran the code above. The answer is six comma three. Although the swap function properly swaps values within the function, it doesn't change what X and Y points to just like in our video on functions. If this tripped you up, please go back to that video on functions and pay attention to the memory model in the last example. If you make a similar memory model for this problem, you'll see why X and Y are unchanged by the swap function.
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[unknown IMAGE 5009236692236] #global-variables #has-images #python-for-data-science #scope
Now what happens after declaring val at the start of a code? Well this code runs just fine. By declaring val the top of the file we've made it a global variable. Be cautious though. You never wanna have a global variable have a same name as a function parameter. We could fix this by naming the global variable differently. Having "my" denote a global would help to reduce this problem. But realize that some company style guidelines, for example, Google's style guidelines, do not recommend using global variables at all.
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[unknown IMAGE 5009251896588] #has-images #python-for-data-science #string-functions
I really wanna stress that there are many string functions. So if you're trying to do something with a string, check the library documentation first. There's probably a function already written which you know is almost exactly what you want.
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#python-for-data-science #string-functions
Remember, strings are immutable, so all the functions we'll discussing in this video return new strings.
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[unknown IMAGE 5009265265932] #concatenation #has-images #python-for-data-science #string-functions
Suppose you wanna stitch two strings together. You can do this with concatenation. You'll start doing this with a plus symbol. Here we add the string, one, with the string, two, to get the string 12. Likewise, if we add the string, hi, to the string, there, we get hi there. Notice that the string, there, has a space before the t, which is why the result had a space between the I and the t.
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[unknown IMAGE 5009272081676] #concatenation #has-images #python-for-data-science #replication #string-functions
Suppose that we'd like to have a string repeat over and over. To do that, we'd use replication. In this example, we're asking the string 12, to be replicated twice to form the string, 1212. You can combine replication and concatenation like this in order to build more complex strings.
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[unknown IMAGE 5009277586700] #has-images #python-for-data-science #string-functions #strip
The next function, strip, is incredibly valuable in Data Science. You'll often find you have useless white space. Like spaces or new lines around values that you wanna use for analysis. To get rid of those spaces, you can use strip like in this example. Here, strip gets rid of the new line and the spaces, before and after the word, extras. But you won't always be getting rid of spaces. So you can use the parameter to strip to get rid of the other values. Here we have some garbage asterisks on either side of the number 10. To get rid of those, we just feed in a string with the characters we want removed as an argument to strip here. Notice that the string passed as an argument is an asterisk which is why the strip removed asterisks.
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[unknown IMAGE 5009281781004] #has-images #python-for-data-science #split #string-functions
In this example, we've used split to split out the words in this sentence using white space. To do that, we gave a space as the argument to this function split. Next, we see how you could do the same thing with a comma separated value. Suppose this is a movie rating. Jane Doe rated the movie, Cars, with five stars. And that rating is stored with commas between the fields. Calling split with the argument as a comma will do this for you.
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[unknown IMAGE 5009288858892] #has-images #python-for-data-science #slicing #string-functions
When we index into strings to get back sub strings, this is called slicing. For each of the examples we'll be working with the word hello. I have broken up the characters in the word hello and label them with a character index starting with zero for the letter H. If we ask for characters one through three, that means we want characters from one inclusive to three exclusive. So we get back the characters EL. If we ask for four through seven, you might think this will cause an error. But it'll just select the string starting at four through the end of the word. In this last example, we'll use negative indexes. It's sometimes easier to start from the back of a word, when putting on a sub string. The indexes for that are shown here. These indices correspond to these locations because if an index is negative, the new index is calculated as string length plus index. So for minus one, five plus a negative one is four. Going back to our original idea, trying to get a sub-string from the word using minus four to minus one. This will give us back e-l-l. This is the same as asking for a word, one through four.
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[unknown IMAGE 5009293053196] #has-images #python-for-data-science #string-functions #substring-testing
What if you wanna ask to see if a string contains a word? There're two easy ways to do this. In the first, we'll just ask if HE, both capitalized, is in the word and we'll get back false. If we ask with a proper case, a capital h and a lowercase e, if that was in the word, we'd get back true. Suppose that you wanna know where in the string to find the sub string. You can use the method find. It returns either the lowest start index of the sub string or minus one if the sub string is missing. Here we ask for e and l and get back the start location of e, which is one. This can be useful when combined with slicing because you can find the initial location of a sub string and then pull out characters starting from there.
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[unknown IMAGE 5009297247500] #convert-to-number #has-images #python-for-data-science #string-functions
As we'll be working with both text and numerical data in this course, it's worth mentioning that we can convert from strings to numbers fairly easily. Suppose that we have the string 1234, we can convert that to an int by calling the int function. Likewise, if we have the string 1234 and we call the function float on it, we get back the floating point version of 1234. On the other hand, if we have text in a string, and try and convert it to an integer, well, we'll get an error.
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[unknown IMAGE 5009301441804] #has-images #python-for-data-science #string-formatting #string-functions
And just wanna insert some strings into that larger string. To do that we can use the function format. In this first example, notice the empty brackets. Those are placeholders which we use by the format function. Once we call format, it substitutes the word data in for the first placeholder and the word analysis for the second. If you wanna be more specific about the placeholders, you can number them. This means that the zero placeholder takes the first word and the one placeholder takes the second and so on. This becomes more useful when you have input data, which is in a different order than the order you want for your string. In this last example, we use the numbering to flip the word order when called from format. This may not seem that useful now, but remember you might be getting strings which you pass into format from another source. And you may not wanna mess around with reordering the strings in that input string.
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[unknown IMAGE 5009313238284] #has-images #lists #python-for-data-science
Let's start by creating a list with the values, 11, 22, and 33. Here we create the list, and then check that it is holding what we expect. List elements have indexes, which, like strings, start at zero. Here's a visual representation of our list in memory. Based on this, if I ask for the element of index one, I should get back 22. And that's exactly what happens. What if I try to access the array off the end like this? There is no third element. So if we ask for this, we'll get an error.
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[unknown IMAGE 5009321102604] #has-images #iteration #lists #python-for-data-science
Suppose I wanna print all the elements in the list. I likely wanna iterate over the list using a loop. So let's do that. By saying for i in list, I'm asking for each element in the list. And I can just print that value. And here we get back the values we wanted. For those of you more familiar with C or Java, you could also write this loop like this. Here I'm letting i be an index into the list, and letting i go from zero, to the length of the list, which is three. Notice here that len, the len function, returns the length of the items in the list. As a result, the for loop will then iterate over zero, i is zero, i is one, and i is two, before stopping. As is printing the element at index zero, one, and two, it'll print the same values as above. For those of you with a background in other iterative languages, the second loop may seem more for familiar, depending on your programming style. But I encourage you to use the top loop, as it is less error prone, and more readable.
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[unknown IMAGE 5009325296908] #has-images #lists #mutable #python-for-data-science
Unlike string, you can change the contents of the elements of a list. Here we're changing the value at index one, to be 95. Let's check to see if that did what we expect. It did. So one of the nice features of our list, is the ability to manipulate values in that list.
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[unknown IMAGE 5009329491212] #appending #has-images #lists #python-for-data-science
I said at the start that lists are resizeable. This means that we can append values to the end of the list. Let's see how this works. We'll start with our usual list. Like before, this has three elements. Using the append method, we can add an element to this list. Here, we'll append an element with a value of 44. Visually, this translates to adding the value of 44, at index three. Let's check the contents of this list, after we've used append, and we'll see that the element 44 was in fact added to the end.
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[unknown IMAGE 5009333685516] #deleting #has-images #index #lists #pop #python-for-data-science
We create our standard list now, with the four elements. If we call pop on the list, it will return and remove the element at that location in the list. Here we're asking to delete the element at position two. This will return the element 33, and remove the element from the list. You'll then shift the values in the remainder of the list over by one. So our new list will have three elements, let's check. Yup, we effectively removed 33 from the list.
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[unknown IMAGE 5009339452684] #has-images #lists #python-for-data-science #remove #removing
In the last example we used the pop method, to remove an element using its index. Now, let's remove an element by its value, using the remove method. Let's remove the element who's value is 33. This will remove 33, and like pop, it will then shift the values in the remainder of the list over by one. So our new list will be those same three elements as before. Depending on what you're doing, it'll be easier to either use pop, or remove
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[unknown IMAGE 5009343646988] #adding-a-list-to-a-list #extend #has-images #lists #python-for-data-science
Sometimes, you wanna merge two lists. If the merger simply involves adding one list to the end of the other, you can use the method extends. Let's setup two lists. Now let's call the extends method, to make it so list two is added to the end of list one. Great, this did just what we expect. Be careful not to mix up append and extend. Append adds an element to the end of the list. Extend expands all appends all of the elements from one list into the either. If you accidentally use append with the list parameter, this is what happens. You get a list of four elements. The first three are integers. And the last is a list of three integers. This is a pretty common mistake, so be careful.
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[unknown IMAGE 5009347841292] #has-images #lists #python-for-data-science #zip #zipping
Often, you'll be working through two lists at the same time. To do that, you can use the function zip. So let's create our two lists again. Suppose I wanna print the first element in each list, then the second element in each, and so on. To do that, we can do this. When we use zip, that creates a pairing of two lists. When you ask for x comma y in zip list list two, you'll get back the following x, y pairs. We don't have to get into the details now, but just remember that if you want to work through multiple lists at the same time, zip can be pretty useful.
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[unknown IMAGE 5009357016332] #has-images #python-for-data-science #reference-quiz-explanation
Your question was, what would this code produce? To arrive at that answer, let's trace through a memory diagram step by step. We start with creating a list which holds the values, 10, 20, and 30. And then we setup variable x to refer to that list. When we then set y to equal x, that simply makes y refer to the same list and memory. Here's where things get interesting. By saying x at index one is 42, we are gonna change in the list in memory. Remember that lists are mutable. So this change will have an effect like this. The listed element at index one is now changed to the value of 42. What's interesting about this example is that y is also pointing to that same list. So when we go to print the list pointed to by y, we'll get back this changed list. If you have two references pointing to the same object, permuting that object will obviously affect both references. Suppose you wanted to have y be an actually copy of the list. If you wanted to do that, you'd have to make this change. Saying y equals list x, causes a new list to be created, which is a copy of x. So when you change x in line three, it wouldn't impact your copy of the list. Knowing when to make copies, or just use the same reference can throw off even veteran programmers. But if you slow down, and draw a quick memory diagram, you'll be able to spot the error quickly.
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[unknown IMAGE 5009369599244] #has-images #immutable #python-for-data-science #tuples
In this last video, we saw how to use lists to store a collection of data. Lists, we saw, are mutable. Which means you can change their elements at any time. In this lesson, we'll learn about tuples. Tuples are a way of grouping data but because they're immutable, they are valuable in a number of situations for data analysis. You won't need to know a lot of details about tuples to use them effectively, however. So, this will be a fairly short intro. By the end of this video, you'll know how to create tuples and perform some basic tuple operations. Let's start by creating a tuple. Usually, tuples are used to put together information connected in some way. Here, let's put together information about a car. I'll put together the car's manufacturer, Honda. Its model, Civic. The fact it has four doors and the year 2017 that it was built. Visualizing this, we have a collection of different data types together in one tuple. Just like a list, I can ask for an element, like this. We ask for the first element and starting with zero indexing, the first is Civic. Also like a list, we can ask for it's length. It has four elements. Just like a list, we can also iterate over the elements in tuple by saying, for i in tuple. Where things diverge is if you try to change a tuple. Here, I'm trying to change the year of the car to be 2018. If I try this, I get an error. And while this might seem inconvenient, it's actually really important. In fact, if there's one thing I want you to take away from this video, is that tuple immutability means that you can trust it to never change.
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#python-for-data-science #tuples
Immutability is important two key ways. The first, is more general as in regards to parallel computing. Parallel computing is a key facet of data science. Which we stress heavily in our fourth course of this micro masters. In parallel computing, data which can change make parallel computation harder because you have to make sure everyone working on the problem sees those changes. But if data can't change, you can just send copies of it to compute nodes and no one has to worry about it changing on them while they're computing. This is really just a forward pointer to a concept you'll see a bunch more of in that last course. The second reason we care is more concrete and actually applies to our next video. Tuples can be used as keys in the dictionaries. Because the tuple doesn't change, the dictionary can organize based on its initial value without worries about the key getting changed by somebody with a reference to it.
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[unknown IMAGE 5009388997900] #dictionaries #has-images #immutable-key #python-for-data-science
A dictionary holds a combination of key value pairs. Here, the keys are fictitious student IDs and student names. This is something you might maintain for the students in a course. You can use this data structure to ask if a student ID is in the dictionary and you can look up a student by their student ID number. Speaking of lookup, dictionaries are also super fast at doing lookups, which is one of the many reasons people like using this data structure. In this example, we have a string key and a string value. The only restriction on types is that the key has to be immutable. Let's look at some more examples. Here we have a mapping of courses to the instructors who commonly teach that course at UCSD. Notice that the value here is actually a list. You could even have a value be another dictionary. Any object is fine as a value in a key value pair, and remember, everything in Python is an object.
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[unknown IMAGE 5009393978636] #dictionaries #has-images #python-for-data-science #tuples-as-keys
What if we wanted to keep movies and their associated user ratings? Well, we can't just use the name of the movie as the key because different movies have the same title. For example, Ghostbusters was the name of a 2016 movie and a 1984 movie. So, how can I keep these in a dictionary? Well, I could use the year to help disambiguate and I could do that using a tuple. Here's what this would look like. The key is a tuple, which is both the name of the movie and the year it was made. Tuples can be keys because they're immutable. Those keys then map to the rating of the movie which I borrowed from IMDB's current ratings.
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[unknown IMAGE 5009398172940] #basics #creation #dictionaries #has-images #python-for-data-science
Here, I've created a dictionary with just the two Ghostbusters movies and then displayed it. Notice the curly braces when declaring a dictionary and the colon which denotes the break between a key and a value. Next, let's look up a value using a key. To do that we just use the brackets and the key like an index for a list. Lastly, we can use length or len to check how many elements are in the dictionary.
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[unknown IMAGE 5009403153676] #adding #dictionaries #has-images #python-for-data-science #unordered
To add to the dictionary, we can just use a new key as an index, and then assign it a value. So, it's actually pretty easy to add to the dictionary. If Cars 2006 were already a key in the dictionary, you'd just reassign it. No errors were thrown. Now let's inspect the contents. We find that Cars was indeed added properly but if you're wondering why Cars is in the middle and not at the end, that's what is meant by dictionaries being an unordered collection. There is no inherent ordering of the items in a collection and you can't trust its internal ordering not to change at any time. The lack of ordering is part of the reason dictionaries offer such fast performance but if your problem requires preserving the order in some way, dictionaries may not be ideal for your problem.
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[unknown IMAGE 5009407347980] #dictionaries #getting-value-from #has-images #python-for-data-science #safe-way
To get back a value for a selected key, you can use brackets, like I've done here. But you need to be careful with using this form of bracket access. What if you asked for a value for a key not in the dictionary? That will actually cause a runtime error. So, what's a safer way of getting values from a dictionary if you aren't sure if the key is present? There are two approaches which can help. The first is to use the method get to gain access to a value for a specified key. Here, when the key is in the dictionary, you'd get back the value just as you'd expect. But if the key isn't in the dictionary, we get back the value none. You can then use the test is X equal to none to see if the element was in the dictionary. Similarly, you can also use the keyword in to test to see if a key is in a dictionary. Depending on your use case, you'll likely want to use either get or in to test to see if a key is in the dictionary before accessing the element in the dictionary. The key point is be careful with using brackets to access values in dictionaries if you aren't 100% sure the values will be in there.
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[unknown IMAGE 5009411542284] #del #deleting #dictionaries #has-images #pop #python-for-data-science
We can also remove items from a dictionary. I've set the dictionary to have all three movies from our last example. Then I used the method pop to remove from a dictionary. Here, I'm removing the 2016 Ghostbusters movie. Pop will return the values associated with key which is why I returned 5.4. You'll also mutate the data structure, so there's no longer the key and the value that you just popped. If we check, the dictionary no longer has the movie we just popped. You can also use the del command to remove a key value pair if you don't care about getting the value back.
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[unknown IMAGE 5009415736588] #dictionaries #has-images #iterating #python-for-data-science
Just like a list or tuple, we can also iterate over the elements in a dictionary by saying for i in dictionary. Here, I'm printing out the keys. If you wanted to print both key and value, you want to do this. The call to dict.items returns a list of tuples with key and value. By saying for key comma value I'm asking to split each tuple into a separate key and value. Then I print the key and value separately. I'm mainly showing this so you know how you might get either the key or the value or both.
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[unknown IMAGE 5009419930892] #careful #dictionaries #has-images #iterating #python-for-data-science
You cannot mutate a dictionary object while iterating. If you do, you'll get an error at runtime. It's generally a bad habit in any language to mutate a data structure while iterating through it. The reason for is that the underlying data structure implementation may change its structure of the data when you add or remove from it. If you ever find yourself writing an iterator for a data structure, something we do in our computer science class at UCSD, you see how problematic it would be if you were trying to iterate while items are being added or removed. That said, what do you do if you say, want to go through the entire data structure and find everything in a criteria and then remove those items? To do that, we'll accomplish this in two steps. In the first step, I'll go through the dictionary finding keys which match a criteria, specifically I'll be looking for movies which are made before the year 2000. I'll add those items to a list, and then in a second step, I'll remove those movies by iterating through the list.
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[unknown IMAGE 5009432513804] #has-images #list-and-dictionary-comprehension #python-for-data-science
Suppose I want to build a list of the squares from one to 10. You're probably tempted to set up a loop for this. If you have a background in other languages. It turns out, we can do this really easily in Python. This command here will build this list for us. Notice how short it is. But there are a number of pieces here. First, let's focus on the "for i in range(1,11)". This will provide i with the values one through 10 just like we're used to with for loops. Next let's focus on the first part of the statement, i**2 means i squared. We're saying we want i squared for each of the values of i which we know will be one through 10. The result is a list with all the squares from one through 10 just like we wanted.
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[unknown IMAGE 5009436708108] #has-images #list-and-dictionary-comprehension #python-for-data-science
Before we go through, I want to briefly mention that you can use these to build dictionaries as well. The only major difference from lists comprehension is now we're specifying both the key and the value. Like we'd expect, the key is on the left side of the colon and the value is on the right side.
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[unknown IMAGE 5009448504588] #has-images #python-for-data-science #qualities #sets
Sets have three qualities which will be useful for us going forward. The first is they, like dictionaries, are unordered. This again, like dictionaries, allows them to be incredibly fast for a number of key operations. The second is that they hold unique elements which means you cannot have duplicate values. The third is that they support useful set operations including union and intersection.
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[unknown IMAGE 5009452698892] #add #create #has-images #python-for-data-science #sets
We can create sets by using the keyword "set". Then, pass as an argument to set, a list. The values that we want to have in the set. Here, we're passing a list of my favorite colors. This will produce the set of colors. Notice that the set we got back is in a different order than the list we provided. Again, sets are unordered so this is completely okay. Now let's see how to add to this set. By calling them at the add, we can add a new color. We can see that we've successfully added yellow. If I try to add something which is already there, it won't change the set. This makes sense as only unique items can be in sets.
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[unknown IMAGE 5009457679628] #discard #has-images #python-for-data-science #remove #sets
Starting with that original list, we can remove items by using either the remove or discard method. Looking at discard, you simply want to pass at the element you want discarded in order to remove it. I generally prefer to use discard because if you try to discard an element which isn't in the set, it will just do nothing. If you try to use the remove method and the element isn't in the set, it will throw an error.
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[unknown IMAGE 5009461873932] #has-images #python-for-data-science #sets #union
Here we have my colors which are blue, green, and red, and Ilkays' colors which I've arbitrarily made to be blue and yellow. First, let's set what the union does. Just like we'd expect, union gives us items that are in either Ilkays' set or my set of colors. This can be useful if you want to know all the unique items that are in two separate sets. Notice that blue is in both sets, but it appears only once in the result. To be honest, most of the time when I find myself using sets, it's because I want to pull out the unique items across two groups of elements or to find the unique items in common.
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[unknown IMAGE 5009466068236] #has-images #intersection #python-for-data-science #sets
To find the unique items in common, we'd use the intersect method. Calling intersection on these two sets gives us back blue because blue is in both of the sets.
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[unknown IMAGE 5009470262540] #has-images #python-for-data-science #quick-operators #sets
I should mention that you don't have to use the union method. You can use the | operator. Likewise, you don't have to use the intersection method. You can just use the ampersands symbol.
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