on 12-Jan-2020 (Sun)

This function of antigen capture and presentation is best understood for a cell type that is called dendritic cells because of their long surface membrane processes.

Dendritic cells capture protein antigens of microbes entering through the epithelia and transport the antigens to regional lymph nodes, where the antigen-bearing dendritic cells display portions of the antigens for recognition by T lymphocytes.

If a microbe has invaded through the epithelium, it may be phagocytosed and presented by tissue macrophages.

Microbes or their antigens that enter lymphoid organs may be captured by dendritic cells or macrophages that reside in these organs and presented to lymphocytes.

Action potential in fast response tissues —

Tissues that depend upon the opening of voltage-sensitive, kinetically rapid (opening in less than a millisecond) sodium channels to initiate depolarization are called fast response tissues [7].

Fast response tissues include the atria, the specialized infranodal conducting system (bundle of His, fascicles and bundle branches, and terminal Purkinje fibers), and the ventricles (figure 2), while the sinoatrial (SA) and atrioventricular (AV) nodes represent slow response tissues.

It is important to recognize that accessory AV pathways (ie, bypass tracts) associated with Wolff-Parkinson-White syndrome are derived from the atria and are thus also fast response tissues dependent upon sodium current for depolarization.

Les mycoses sont des maladies provoquées par des champignons microscopiques dénommés mycètes (plus précisément micromycètes, par opposition aux macromycètes, champignons visibles dans l'environnement), susceptibles de vivre en parasite chez l'Homme.

Les mycètes, véritables eucaryotes, constituent un règne (Fungi) distinct de celui des plantes (car n'ayant pas de pigment assimilateur de la chlorophylle) et du règne animal. Les cham- pignons assurent leur nutrition uniquement par absorption à partir du mycélium (réseau de filaments)

La plupart des mycètes sont des pathogènes opportunistes, profitant d'un affaiblissement de l'hôte pour provoquer une infection : ce sont, soit des champignons commensaux normale- ment présents chez l'Homme, soit des champignons présents dans l'environnement (moisis- sures) qui peuvent pénétrer dans l'organisme (par exemple, Aspergillus). D'autres mycètes (dermatophytes) se comportant en parasites obligatoires sont pathogènes, quel que soit le statut immunitaire du patient

ls sont très répandus : on évalue à plus d'un million le nombre d'espèces connues, dont seulement quelques centaines sont potentiellement patho- gènes chez l'Homme.

D'un point de vue pratique, selon leur aspect morphologique, on distingue trois types de mycètes : filamenteux, levuriformes et dimorphiques.

Ils se développent sur leur substrat nutritif par un système de filaments plus ou moins ramifiés dénommé thalle ou mycélium, constitué de filaments (ou hyphes) cloisonnés ou non

Parmi ces mycètes filamenteux impliqués en pathologie, on différencie : • les dermatophytes : champignons kératinophiles, adaptés à la peau et aux phanères de l'Homme ou l'animal, et provoquant des lésions quel que soit l'état immunitaire du patient ; • les moisissures issues de l'environnement au comportement opportuniste (par exemple, Aspergillus) : leur développement chez l'Homme est permis par l'affaiblissement de ses défenses immunitaires.

B. Levuriformes Dans ce cas, le thalle se réduit à un état unicellulaire. L'aspect classique est celui d'une levure de forme ronde ou ovalaire, de petite taille (généralement moins de 10 μm), qui se reproduit par bourgeonnement. Certaines levures, appartenant par exemple au genre Candida, peuvent donner naissance par bourgeonnements successifs à un pseudomycélium ou même à des filaments mycéliens vrais.

Les dimorphiques, absents habituellement en France métropolitaine, sont issus de régions tropicales ou subtropicales — par exemple, Histoplasma et Talaromyces marneffei (ex-Penicillium marneffei)

Il convient de mettre à part Pneumocystis jirovecii, agent de la pneumocystose humaine. Il s'agit d'un champignon atypique, non cultivable

On incrimine aujourd'hui plus de 400 espèces fongiques impliquées dans un processus patho- logique chez l'Homme et ce nombre continue d'augmenter

Les champignons peuvent être responsables chez l'Homme : • d'intoxications dues à l'exposition à certains micromycètes (mycotoxicoses) ou macromy- cètes (syndrome phalloïdien, etc.) ; ces pathologies ne sont pas des mycoses et ne seront pas traitées dans cet ouvrage ; • de pathologies immunoallergiques liées à un état d'hypersensibilité (alvéolites extrinsèques, asthme, etc.) qui ne sont pas non plus traitées dans cet ouvrage ; • d'infections résultant du parasitisme, mycoses superficielles ou profondes le plus souvent opportunistes.

À part quelques exceptions, les kératinophiles ne colonisent que la peau et les phanères (ongles, poils, cheveux). L'importance des lésions varie selon le degré d'adaptation parasitaire. Seules les espèces dites « anthropophiles » peuvent être relativement bien tolérées ; les lésions mycosiques, dans ces cas, sont discrètes voire absentes. En revanche, les espèces dites « zoo- philes » ou « géophiles », peu ou pas adaptées à l'Homme, sont à l'origine de dermatophyties volontiers inflammatoires.

A. Champignons adaptés au parasitisme Le meilleur exemple est celui des micromycètes kératinophiles dont l'avidité pour la kératine animale et humaine est très prononcée

Elle est encore aujourd'hui la première infection opportuniste dans ce contexte en France métropolitaine, malgré la diminution globale de l'incidence du sida depuis la disponibilité des traitements antirétroviraux.

Les premières descriptions de pneumopathies à Pneumocystis jirovecii (PPC) ont été faites dans les années quarante chez des nourrissons malnutris en Europe de l'Est

La pneumocystose est une mycose pulmonaire due à un champignon cosmopolite opportuniste transmissible, dénommé Pneumocystis jirovecii, survenant majoritairement chez les patients immunodéprimés. L'infection se présente essentiellement comme une pneumopathie, tandis que les localisations extrapulmonaires sont rares.

On décrit deux formes de cet ascomycète et des formes de transition : • les asques (anciennement appelés kystes), qui sont ovoïdes ou sphériques et mesurent 4 à 7 μm de diamètre ; les asques matures contiennent huit ascospores ; les asques vides ont une forme de ballon dégonflé caractéristique ; • les formes trophiques ou trophozoïtes, qui sont très variables en forme et en taille (2 à 8 μm). Elles sont mononucléées et amiboïdes et sont munies d'élongations, dénommées les filopodes, qui leur permettent de s'arrimer très étroitement aux cellules épithéliales pulmonaires de type I où elles se multiplient activement. C'est à partir des grandes formes trophiques que se forment les asques.

Les asques matures contiennent huit ascospores qui, après libération et selon un cycle hypothétique, donneront des petites formes trophiques puis des plus grandes formes trophiques polymorphes. Les formes trophiques par conjugaison donneront de nouveaux asques qui, après maturation, libéreront de nouvelles ascospores

Cycle parasitaire de Pneumosystis jirovecii

Dans ce contexte, la spécificité des espèces de Pneumocystis pour leur mammifère hôte permet d'écarter un réservoir animal pour P. jirovecii et de retenir un réservoir strictement humain

De plus, la transmission interindividuelle de P. jirovecii par voie aérienne est désormais admise chez l'Homme. Elle peut être à l'origine de « cas groupés » ou d'épidémies dans les services hospitaliers accueillant des patients immunodéprimés

Chez les patients à risque, le développement de P. jirovecii entraîne des lésions de l'épithélium alvéolaire dont les cloisons s'épaississent, réalisant une pneumopathie interstitielle diffuse à l'origine d'hypoxémie et d'insuffisance respiratoire

1. Chez l'enfant immunodéprimé non infecté par le VIH La pneumocystose survient essentiellement au cours de la première année de vie chez les enfants atteints d'immunodéficience combinée sévère ou d'hypogammaglobulimémie congénitale. Le début est brutal avec dyspnée, toux sèche et fièvre. La mortalité est de 100 % en l'absence de traitement.

2. Chez l'enfant immunodéprimé infecté par le VIH L'incidence de la pneumocystose était d'environ 40 % dans les pays développés avant l'utilisation des antirétroviraux. Le début clinique est progressif, avec tachypnée, fièvre et toux.

1. Chez l'adulte infecté par le VIH La pneumocystose se traduit par une triade classique d'apparition progressive dans la moitié des cas, faite de fièvre, de toux sèche et de dyspnée d'intensité croissante. Il peut exister des formes fébriles pures.

À l'inverse, lorsque le diagnostic est tardif, les patients se présentent avec un tableau d'insuffisance respiratoire aiguë. La radiographie pulmonaire est quasi opaque, en « verre dépoli » (ou « poumons blancs »). Les gaz du sang peuvent montrer une hypoxémie grave (PaO 2 inférieure à 60 mmHg). Ces cas sont de mauvais pronostic. La mortalité globale sous traitement est estimée à 15 %

Quand le taux de CD4 est inférieur à 100/mm 3 , d'autres infections opportunistes peuvent être évoquées devant une pneumopathie interstitielle d'origine parasitaire ou fongique (toxoplasmose, cryptococcose, histoplasmose, pénicilliose), d'origine bactérienne (pneumocoque, Haemophilus, tuberculose). Une maladie de Kaposi ou une pneumopathie interstitielle lymphoïde peuvent être également discutées.

La symptomatologie est proche de celle rencontrée chez le patient infecté par le VIH, mais elle est plus aiguë et évolue plus vite vers l'insuffisance respiratoire. La mortalité est également plus élevée que chez le patient infecté par le VIH (de 30 à 60 %).

L'étude du lavage bronchiolo-alvéolaire est le meilleur examen pour sa détection. Celle des crachats induits ou des lavages oropharyngés, bien que moins sensible, peut être proposée en cas de contre- indications au lavage bronchiolo-alvéolaire. La biopsie transpariétale ou transbronchique est rarement usitée en France.

Le diagnostic repose sur la mise en évidence de P. jirovecii par examen microscopique direct après coloration des prélèvements biologiques. La coloration argentique ou le bleu de toluidine colore bien la paroi des asques regroupés en amas (fig. 31.3 et 31.4). La coloration au Giemsa est indispensable pour mettre en évidence les formes trophiques, non observées avec les colorations précédentes : elle permet aussi de visualiser les ascospores (au nombre de huit au maximum, disposés en rosette) et les amas spumeux contenant les formes trophiques, les asques matures et immatures (fig. 31.5).

La PCR, de par sa grande sensibilité, permet de détecter de faibles quantités de P. jirovecii dans le lavage bronchiolo-alvéolaire et ainsi de poser le diagnostic de pauci-infections. Bien qu'elle permette d'augmenter également la sensibilité de l'examen des crachats ou des lavages oropharyngés lorsqu'un lavage bronchiolo-alvéolaire ne peut être réalisé, elle ne permet pas d'écarter une pneumocystose en cas de résultat négatif sur ce type d'échantillon. Elle devient l'examen de référence quel que soit l'échantillon pulmonaire analysé

C. Marqueurs sériques biologiques non spécifiques La détection des antigènes β(1,3)-D-glucanes sériques est positive chez les patients développant des infections fongiques invasives dont la pneumocystose, la paroi des asques contenant du β(1,3)-D-glucane. Il s'agit d'un test diagnostique complémentaire, l'examen direct et la PCR restent les examens de première intention

Le taux de lactates déshydrogénases sériques est généralement élevé chez le patient infecté par le VIH développant une pneumocystose. La détection des anticorps anti-Pneumocystis sériques n'est pas utilisée pour le diagnostic mais présente un intérêt pour les enquêtes de séroprévalence

Le traitement de première intention repose sur le cotrimoxazole (triméthoprime et sulfaméthoxazole) ; en cas d'intolérance ou de contre-indication, on peut utiliser : • l'association clindamycine et primaquine ou l'iséthionate de pentamidine (souvent mal toléré) dans les formes modérées à sévères ; • l'atovaquone ou la dapsone, associée ou non au triméthoprime, dans les formes légères à modérées.

Le cotrimoxazole (Bactrim ® , et ses génériques) est donné à la posologie de 20 mg/kg par jour de triméthoprime et de 100 mg/kg par jour de sulfaméthoxazole en trois à quatre prises, par voie orale ou intraveineuse pendant 2 à 3 semaines selon la maladie sous-jacente. Des effets secondaires surviennent dans plus de 50 % des cas, à type d'éruption cutanée, fièvre, leucopénie, anémie, thrombopénie, élévation des transaminases…

L'association clindamycine (Dalacine ® ) et primaquine est prescrite respectivement à la dose de 1 800 mg par jour en trois prises (IV ou orales) et 15 mg par jour en une prise orale.

L'iséthionate de pentamidine (Pentacarinat ® ) est utilisé par voie intraveineuse lente à la posologie de 4 mg/kg par jour pendant 3 semaines. Les injections intramusculaires sont déconseillées à cause du risque de douleur et nécrose au point de piqûre. Les effets secondaires sont nombreux : insuffisance rénale, hypotension orthostatique, leucopénie, thrombo pénie, hypoglycémie, troubles du rythme cardiaque, diabète, pancréatite aiguë, élévation des transaminases…

L'atovaquone (Wellvone ® ) est utilisée en suspension à la dose de 1 500 mg par jour, en 2 prises, pendant 21 jours

Chez le patient infecté par le VIH, en cas d'hypoxie associée (PaO 2 inférieure à 60 mmHg), on peut adjoindre une corticothérapie. Chez les patients non infectés par le VIH, l'intérêt de la corticothérapie est controversé.

La dapsone (Disulone ® ) est prescite à 100 mg par jour, seule ou en association avec le triméthoprime (Delprim ® ) à 20 mg par jour (hors AMM)

1. Prophylaxie primaire Pour les patients infectés par le VIH, elle doit être envisagée dès que les CD4 sont inférieurs à 200/mm 3 ou inférieurs à 15 % des lymphocytes. Elle doit être réalisée plus tôt s'il existe une baisse rapide des CD4 ou une chimiothérapie associée (lymphome, Kaposi), une autre infection opportuniste ou encore une altération sévère de l'état général

Les patients transplantés d'organe solide et ceux ayant bénéficié d'une allogreffe de cellules souches hématopoïétiques reçoivent systématiquement une prophylaxie par cotrimoxazole durant les 6 mois qui suivent la transplantation.

La prophylaxie est également recommandée chez les patients ayant une leucémie aiguë lymphoblastique, de l'induction à la fin de l'entretien de la chimiothérapie.

Par ailleurs, compte tenu du risque de transmission interhumaine, les patients infectés par P. jirovecii doivent être isolés des patients réceptifs.

Interruption des prophylaxies primaire et secondaire :

• Après amélioration sous antirétroviraux, si les CD4 sont supérieurs à 200/mm 3 de façon durable (3 mois) et si la charge virale du VIH est inférieure à 1 000 copies/ml, il est possible d'interrompre les traitements prophylactiques.
• Les recommandations chez les patients immunodéprimés autres que le VIH sont moins bien établies.

2. Prophylaxie secondaire Le traitement privilégié est le cotrimoxazole per os (1 comprimé de Bactrim ® par jour ou 1 comprimé de Bactrim ® forte trois fois par semaine). En cas d'intolérance, les alternatives sont la pentamidine en aérosol à la posologie de 4 mg/kg par semaine, la dapsone per os à la dose de 100 mg par jour, seule ou associée à 50 mg de pyriméthamine (Malocide ® ) par semaine, l'atovaquone (Wellvone ® ) en suspension à la dose de 1 500 mg par jour en deux prises.

Quand on réalise une étude, il est nécessaire de rédiger avant le début de celle-ci un protocole. Ce document doit comporter une synthèse de la littérature scientifique permettant de poser le problème, une formulation claire et complète de l’objectif, la description détaillée des méthodes qui vont être employées (sélection de l’échantillon, mesure des critères de jugement, plan d’analyses statistiques pour répondre aux objectifs principal et secondaires, etc.) et l’ensemble des dispositions réglementaires concernant les questions d’ordre éthique et d’archivage des données issues de l’étude.

De plus en plus fréquemment, ce protocole est publié sous la forme d’un article et il est aussi obligatoire de l’enregistrer avant le début de l‘étude dans le registre international « ClinicalTrials.gov » ou dans un autre registre reconnu par l’OMS librement consultable sur internet

Pour être complet, un objectif de recherche doit comprendre 4 éléments, qui seront repris dans la suite du cours sous l’acronyme PECO. Ces éléments sont décrits dans le Tableau 3.

Cette population est la population cible qui correspond à la population à laquelle on souhaite extrapoler les résultats de l’étude. Il n’est généralement pas possible de réaliser l’étude dans l’ensemble de la population cible et donc d’obtenir la « vraie » valeur, ou la valeur « réelle » du paramètre. Dans ce cas, l’étude va consister à estimer la valeur du paramètre dans un échantillon de sujets issus de cette population. On parle alors de paramètre « mesuré », « estimé » ou « observé ».Pour pouvoir extrapoler cette valeur estimée du paramètre à l’ensemble de la population cible, l’échantillon doit être représentatif (avoir les mêmes caractéristiques) de la population cible.

En pratique, il est souvent très difficile de constituer l’échantillon dans l’ensemble de la population cible (certains sujets sont moins facilement joignables : populations en situation de précarité par exemple). L‘échantillon est donc tiré d’une population dite « source » (population dans laquelle l’échantillon a été constitué).

Idéalement, la population source devrait être la population cible, mais ce n’est pas toujours le cas. Par exemple, l’identification des facteurs de risque de maladies est souvent réalisée chez des patients hospitalisés. Les patients non hospitalisés font bien partie de la population cible de l’étude mais ne feront pas partie de l’échantillon

Si l’on constitue plusieurs échantillons (provenant de la même population source), l’estimation des paramètres qui nous intéressent ne sera pas exactement la même d’un échantillon à l’autre même si ceux-ci sont de même taille, du simple fait du hasard. C’est ce qu’on appelle la fluctuation d’échantillonnage. La fluctuation d’échantillonnage est inévitable dès qu’on constitue un échantillon. Plus la taille de l’échantillon augmente, plus la fluctuation d’échantillonnage diminue et l’estimation des paramètres tend à se stabiliser

L’intervalle de confiance à 95% d’un paramètre est calculé à partir de la mesure du paramètre et de la mesure de sa variabilité (variance du paramètre)

On distingue les critères d’inclusion (il faut que les patients les remplissent tous pour entrer dans l’étude) et les critères de non inclusion parfois appelés, à tort, critères d’exclusion. Il suffit d’un seul critère de non-inclusion pour que le patient ne puisse pas entrer dans l’étude. Les critères d’exclusion devraient désigner les critères qui font que des sujets initialement inclus, donc répondant aux critères d’inclusion et de non-inclusion, sont exclus dans un deuxième temps.

1) Les variables quantitatives Une variable est dite quantitative quand cela a un sens de dire qu’un résultat est plus grand ou plus petit qu’un autre (elle reflète une notion de grandeur). Une variable peut être quantitative discrète (si elle ne peut prendre qu’un nombre limité de valeurs comme la pression artérielle systolique) ou continue (si elle peut prendre un nombre infini de valeurs comme la douleur sur une échelle visuelle analogique continue).

2) Les variables qualitatives ou catégorielles Une variable qui ne reflète pas une notion de grandeur est une variable dite qualitative. Une variable est dite binaire quand elle peut prendre 2 valeurs. Le genre (masculin ou féminin) est un exemple de variable binaire.

On sait seulement que leur durée de survie dépasse leur durée de participation dans l’étude. Afin d’analyser correctement ces patients, on doit définir une date de point qui correspond à la fin de l’étude. Les patients qui ne sont pas décédés à la date de point sont censurés. C’est pour cela que ces variables sont appelées variables censurées. Les patients qui sont perdus de vue avant la date de point sont censurés à la date de la dernière visite.

La prévalence intègre 2 dimensions différentes : la durée de la maladie (plus la maladie dure longtemps, plus le nombre de malades est important) et la vitesse d’apparition de nouveaux cas de la maladie dans la population. Plus celle-ci est grande, plus la prévalence augmente).

1.4.2.1. Analyse descriptive La première étape de l’analyse statistique consiste à décrire l’ensemble des variables étudiées dans l’échantillon.

Le taux d’incidence mesure une vitesse moyenne d’apparition de nouveaux cas sur l’ensemble des sujets de la population et de la durée totale de leur suivi.

Il existe une relation entre le taux d’incidence et la prévalence : P = TI * d avec d : durée moyenne de la maladie Cette formule est valable si la population est stable et le taux d’incidence est faible.

Il arrive souvent que la date exacte des évènements, comme une maladie, soit inconnue. La méthode exacte n’est donc plus utilisable car le temps réel d’exposition au risque (comme tomber malade ou être perdu de vue) ne peut être estimé exactement, celui-ci nécessitant un suivi longitudinal précis. On utilise alors une méthode approchée qui suppose que les personnes décédées, perdues de vue ou tombées malades, ont été présentes et non malades pendant la moitié de la période observée.

Remarque 1 : La médiane est moins sensible aux valeurs extrêmes que la moyenne (si quelques personnes sont très âgées, la moyenne d’âge va beaucoup augmenter, mais pas la médiane). Remarque 2 : Il est intéressant d’étudier la distribution de la variable dans l’échantillon et de distinguer les variables qui ont une distribution dite « normale » de celles qui ont une distribution non normale

Paramètres de dispersion o Ecart-type, variance (carré de l’écart-type) : représentent les « écarts à la moyenne ». Plus la variance est élevée, plus le caractère est variable dans la population. On parle aussi de plus grande hétérogénéité du caractère. L’écart-type et la variance sont des paramètres de dispersion classiquement associés à la moyenne. o Intervalle interquartile : intervalle entre le 25 e (1 er Quartile) et le 75 e percentile (3 ème Q uartile). Accompagne souvent la médiane : « L’âge médian est de 37 ans (intervalle interquartile : 28-48) » signifie que 25% de la population a moins de 28 ans, 25% entre 28 et 37 ans, 25% entre 37 et 48 ans et 25% plus de 48 ans.

La méthode de Kaplan-Meier permet de représenter, à chaque temps d’événement, le pourcentage de sujets n’ayant pas encore présenté l’événement d’intérêt

Rappels des hypothèses et des définitions La réalisation d’un test statistique repose sur 2 hypothèses : L’hypothèse nulle (H0) : il n’y a pas de différence entre les 2 groupes Par exemple dans le cadre d’un essai clinique : Le traitement A a la même efficacité que le traitement B L’hypothèse alternative (H1): il y a une différence entre les 2 groupes Par exemple dans le cadre d’un essai clinique : Le traitement A et le traitement B ont des efficacités différentes

La réalisation d’un test statistique nécessite de fixer des risques d’erreur. Le premier risque d’erreur est considéré comme le plus grave. Il s’agit du risque de conclure à une différence qui n’existe pas en réalité. C’est le risque alpha. Il est généralement fixé à 5%. L’autre risque d’erreur est le risque beta défini par la probabilité de ne pas mettre en évidence une différence qui existe.

Avec les hypothèses présentées ci-dessus, le test est dit bilatéral car la différence entre traitement A et traitement B peut aller dans les 2 sens. Dans certains articles, les auteurs font un test unilatéral : ils font l’hypothèse que la différence ne peut aller que dans un sens, c'est-à-dire que l’un des 2 traitements est supérieur à l’autre. Il est recommandé de faire des tests bilatéraux. La réalisation d’un test unilatéral impose une correction du risque alpha qui devrait être à 2.5% mais cela n’est pas fréquemment fait en pratique par les auteurs.

Remarque 2 : En aucun cas les tests statistiques n’indiquent l’importance d’une différence. Ce n’est pas parce que la différence est statistiquement significative qu’elle est cliniquement pertinente. Si vous faites une étude incluant un grand nombre de sujets, vous aurez une forte puissance statistique pour montrer des différences statistiquement significatives pour de faibles différences (sans aucun sens clinique)

Les principaux tests statistiques

Le choix du test statistique dépend du type de variable que l’on veut évaluer et de sa nature.

- Si on veut comparer une variable qualitative (par exemple le sexe) entre 2 groupes, on fait un test du Chi 2 (test paramétrique) ou un test exact de Fisher (test non paramétrique).

- Si on veut comparer une variable quantitative (par exemple l’âge) entre 2 groupes, on pourra faire un test t de Student si la variable quantitative a une distribution normale. Si ce n’est pas le cas (exemple : dosage des leucocytes), on pourra faire un test de Wilcoxon pour séries indépendantes qui est un test non paramétrique.

Remarque : Un test est dit paramétrique quand on fait des hypothèses sur la distribution des variables (par exemple, pour un critère de jugement continu, on fait fréquemment l’hypothèse d’une distribution normale). Un test est dit non-paramétrique quand on ne fait aucune hypothèse sur la distribution des variables.

Si on veut comparer une variable censurée (par exemple la survie) entre 2 groupes, on fera un test du log rank qui permet de comparer les courbes de survie entre les 2 groupes.

Risque relatif Le risque relatif (RR) est le rapport des proportions de malades chez les exposés (a/n 1 ) et les non exposés (b/n 0 ).

Odds Ratio L’odds ratio (OR) est une autre mesure possible de l’intensité de l’association entre deux facteurs qui est fréquemment utilisé car on peut le calculer quel que soit le type d’étude (contrairement au risque relatif). Il s’agit d’un rapport des rapports ou d’un rapport des cotes.

Conséquences : - si la prévalence de la maladie dans la population cible est de 8% et que l’on estime un OR à 1,5 sur un échantillon, alors on peut dire sans trop se tromper « le risque de maladie est 1,5 fois plus élevé chez les exposés que chez les non exposés » (phrase qui correspond normalement au risque relatif) - si la prévalence de la maladie dans la population cible est de 35% et que l’on estime un OR à 3,2 sur un échantillon, alors il est probable que la phrase « le risque de maladie est 3,2 fois plus élevé chez les exposés que chez les non exposés » soit fausse. Il faudra dire « il y a 3.2 fois plus de malades par rapport aux non-malades chez les exposés que de malades par rapport aux non-malades chez les non exposés. »

Hazard ratio Le hazard ratio (hazard = risque en Anglais) est l’équivalent du risque relatif pour des variables censurées. C’est le rapport des risques instantanés de chaque groupe.

Attention à ne pas confondre variance d’une variable et variance d’un paramètre :

• La variance d’une variable quantitative (par exemple variance de la pression artérielle) mesure sa variabilité dans la population. Dans les articles, son estimation (ou celle de l’écart-type) est souvent donnée dans le tableau descriptif de l’échantillon (« tableau 1 »).

• La variance d’un paramètre (par exemple variance d’une moyenne ou d’un risque relatif) mesure à quel point des estimations répétées sur des échantillons différents donneraient des estimations différentes (fluctuation d’échantillonnage). La variance du paramètre n’est pas donnée directement dans les articles, mais elle est utilisée dans le calcul des intervalles de confiance à 95%.

• La variance d’un paramètre est liée à la variance de la variable (quantitative) correspondante. Par exemple, la variance d’une moyenne d’âge est la variance de l’âge divisée par le nombre de sujets.

The human host serves as a natural reservoir for M. tuberculosis. The ability of the organism to efficiently establish latent infection has enabled it to spread to nearly one-third of individuals worldwide

NATURAL HISTORY OF INFECTION — Inhalation of aerosol droplets containing M. tuberculosis with subsequent deposition in the lungs leads to one of four possible outcomes:

● Immediate clearance of the organism

● Primary disease: immediate onset of active disease

● Latent infection

● Reactivation disease: onset of active disease many years following a period of latent infection

Among individuals with latent infection and no underlying medical problems, reactivation disease occurs in approximately 5 to 10 percent of cases [2-4]. The risk of reactivation is markedly increased in patients with HIV and other medical conditions [5,6]. These outcomes are determined by the interplay of factors attributable to both the organism and the host

Among the approximately 5 to 10 percent of infected individuals who develop active disease, approximately half will do so within the first two to three years following infection.

The tubercle bacilli establish infection in the lungs after they are carried in droplets small enough to reach the alveolar space (5 to 10 microns). If the innate defense system of the host fails to eliminate the infection, the bacilli proliferate inside alveolar macrophages, which may migrate away from the lungs to enter other tissue

If the bacterial replication is not controlled, the tubercle enlarges and the bacilli enter local draining lymph nodes. This leads to lymphadenopathy, a characteristic manifestation of primary TB. The lesion (called Ghon focus) produced by the expansion of the tubercle into the lung parenchyma and lymph node enlargement or calcification together comprise the Ranke complex [12].

The bacilli continue to proliferate until an effective cell-mediated immune (CMI) response develops, usually 2 to 10 weeks following initial infection; this occurs in more than 90 percent of exposed infected individuals

In the lung, failure of the host to mount an effective CMI response and tissue repair leads to progressive destruction of lung. Tumor necrosis factor (TNF)-alpha, reactive oxygen and nitrogen intermediates, and the contents of cytotoxic cells (granzymes, perforin), which function to eliminate M. tuberculosis, may also contribute to collateral host cell damage and the development of caseating necrosis

Caseous necrosis is frequently associated with TB but can also be caused by other organisms, including syphilis, histoplasmosis, cryptococcosis, and coccidioidomycosis. (See related topics.)

Chronic disease is characterized by repeated episodes of healing by fibrotic changes around the lesions and tissue breakdown. Complete spontaneous eradication of the bacilli is rare

Reactivation disease — Reactivation TB results from proliferation of a previously latent bacteria seeded at the time of the primary infection. Among individuals with latent infection and no underlying medical problems, it has generally been estimated that the lifetime risk of reactivation disease after an index infection is 5 to 10 percent, with a 5 percent risk in the two to five years following infection and another 5 percent risk over the remaining lifetime [4]. A study from Australia of close contacts of TB cases reported a risk of 11 percent in the five years following infection; the risk rose to 14.5 percent after adjusting for death and loss to follow-up [14]

Immunosuppressive conditions associated with reactivation TB include:

● HIV infection and AIDS

● Chronic and end-stage kidney disease

● Diabetes mellitus

● Malignant lymphoma

● Corticosteroid use

● Inhibitors of TNF-alpha and its receptor

● Diminution in cell-mediated immunity associated with age

● Cigarette smoking [6,15,16]

The disease process in reactivation TB tends to be localized (in contrast with primary disease); in general, there is little regional lymph node involvement and less caseation. The lesion typically occurs at the lung apices, and disseminated disease is unusual unless the host is severely immunosuppressed.

Prior TB infection, contained as latent TB, confers some protection against subsequent TB disease [17]. One review evaluating 23 paired cohorts (total more than 19,000 individuals) noted that individuals with latent TB had 79 percent lower risk of progressive TB following reinfection compared with uninfected individuals [18].

The term "remote infection" refers to infection that progresses to active TB after ≥2 years [21]. Worldwide, particularly in high-burden countries, most clinical TB reflects recently transmitted infection (<2 years prior to development of active disease) [21]. Therefore, it has been proposed that treatment of latent TB infection be prioritized for those who are recently infected.

In low-burden countries, a higher proportion of TB cases occurs due to remote infection among foreign-born residents [22-24]. As an example, in the United States in 2016, a majority of foreign-born persons who developed TB had resided in the United States for more than five years before diagnosis [25].

M. tuberculosis belongs to the genus Mycobacterium, which includes more than 50 other species, often collectively referred to as nontuberculous mycobacteria. TB is defined as a disease caused by members of the M. tuberculosis complex, which include the tubercle bacillus (M. tuberculosis), M. bovis, M. africanum, M. microti, M. canetti, M. caprae, M. pinnipedii, and M. orygis [28,29].

Cell envelope — The cell envelope is a distinguishing feature of the organisms belonging to the genus Mycobacterium. The mycobacterial cell envelope is composed of a core of three macromolecules covalently linked to each other (peptidoglycan, arabinogalactan, and mycolic acids) and a lipopolysaccharide, lipoarabinomannan (LAM), which is thought to be anchored to the plasma membrane [30]. The outermost layer, the mycobacterial outer membrane (MOM), consists of a lipid bilayer structure [31].

Mycolic acid, a beta-hydroxy fatty acid, is the major constituent of the cell envelope, accounting for more than 50 percent by weight; this structure defines the genus. Glycolipids are attached to the outside of the envelope layer through a connection to the mycolic acid layer; proteins are also embedded in this cell wall complex. Glycolipid components are implicated in "cord formation," whereby TB bacilli clump together forming a serpiginous structure seen on microscopy [32].

Staining characteristics — The cell wall components give Mycobacterium its characteristic staining properties. The organism stains positive with Gram stain. The mycolic acid structure confers the ability to resist destaining by acid alcohol after being stained by certain aniline dyes, leading to the term acid-fast bacillus (AFB).

Microscopy to detect AFB (using Ziehl-Neelsen or Kinyoun stain) is the most commonly used procedure to diagnose TB in the world, especially in developing countries with limited laboratory capacity. A specimen must contain at least 10⁴ colony forming units (CFU)/mL to yield a positive smear [33]. Microscopy of specimens stained with a fluorochrome dye (such as auramine O) provides an easier, more efficient, and approximately a 10-fold more sensitive alternative. However, microscopic detection of mycobacteria does not distinguish M. tuberculosis from nontuberculous mycobacteria.

Growth characteristics — A distinguishing feature of M. tuberculosis is its slow growth rate. In artificial media and animal tissues, its generation time is about 20 to 24 hours (as opposed to 20 minutes for organisms such as Escherichia coli).

Isolation in the laboratory — Artificial media used to cultivate M. tuberculosis include potato- and egg-based media, such as Middlebrook 7H10 or 7H11, or albumin in an agar base, such as the Löwenstein-Jensen medium [34]. A liquid medium, such as Middlebrook 7H9, is used for subcultures and for propagating the bacillus to extract DNA for molecular diagnostic and strain-typing procedures [35]. Three to four weeks are required to recover the organism, depending on the initial quantity of organisms in the specimen.

Identification of the organism — Once the organism is isolated, identification is based on morphologic and biochemical characteristics, although nucleic acid–based detection methods have obviated many of the conventional tests. M. tuberculosis is identified by its rough, nonpigmented, so-called "corded" colonies on albumin-based agars. It is typically positive in the niacin test, has a weak catalase activity, which is inactivated at 68ºC, and reduces nitrate [34]. (See "Diagnosis of pulmonary tuberculosis in adults".)

The only other major slow-growing Mycobacterium that is niacin test–positive is M. simiae. Although all members of the mycobacteria species produce niacin (usually undetectable by the niacin test), the differences in the activity of the enzymes involved in the salvage pathway of nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) biosynthesis in M. tuberculosis determines niacin positivity in M. tuberculosis. Niacin accumulates in M. tuberculosis because nicotinamidase, which converts nicotinamide to niacin, is several-fold more active, and the enzyme that recycles niacin to produce NAD is less active than in members of most other mycobacterial species [43].

The niacin, nitrate reductase, and catalase tests are the three biochemical tests most frequently used to distinguish M. tuberculosis from other mycobacterial species [34]. Tests for pyrazinamidase production as well as susceptibility to thiophen-2-carboxylic acid hydrazide (TCH) will distinguish M. tuberculosis from M. bovis, another member of the M. tuberculosis complex. M. bovis does not express pyrazinamidase (or nicotinamidase) and is susceptible to less than 5 mcg/mL of TCH [34,44]. Clinical isolates of M. tuberculosis lacking pyrazinamidase activity have been described that contain nucleotide point mutations in the gene (pncA) that encodes pyrazinamidase; these isolates are resistant to pyrazinamide (PZA), one of the first-line drugs used to treat TB [45]. (See "Epidemiology and molecular mechanisms of drug-resistant tuberculosis".)

Many additional so-called virulence factors have been identified by molecular biology techniques. M. tuberculosis "virulence factors" are often defined as bacterial products whose disruption (based on comparison with wild-type M. tuberculosis) leads to diminished ability of the mutant to attach to or enter mammalian cells in vitro, decreased growth in vitro in artificial medium or inside mammalian cells, attenuation in an animal infection model, decreased ability to induce cytokines associated with disease in macrophages infected ex vivo, inability to evade host immune effector molecules, and inability to induce changes (eg, inhibition of metabolism) in cellular targets outside of itself [57,58].

The significance of M. tuberculosis entering epithelial cells in TB pathogenesis is not clear; most studies examining M. tuberculosis–mammalian cell interactions focus on professional phagocytic cells (macrophages and dendritic cells). It should be noted, however, that the initial site of lung infection by M. tuberculosis is the alveolar air space, which is composed of type I and type II pneumocytes; these are epithelial cells. Type I cells comprise about 96 percent of the alveolar surface area; type II cells cover about 4 percent of the surface area but comprise 60 percent of all the alveolar epithelial cells [69]. Thus, M. tuberculosis is most likely to encounter and enter pneumocytes before they are taken up by alveolar macrophages. Little is known about the in vivo interaction of M. tuberculosis with alveolar epithelial cells.

As noted below, lipids are a crucial carbon source of energy in vitro and in vivo and hence for M. tuberculosis' long-term survival inside a host. (See "Immunology of tuberculosis".)

Differences in structure, composition, and metabolism of the cell wall lipid molecules contribute to differences in clinical outcome in mammalian hosts [79]. In vivo, during chronic phase of infection, M. tuberculosis metabolizes lipids rather than carbohydrates [56,80]. This shift occurs via a bypass system (glyoxylate shunt) in the Krebs cycle when carbon substrates for glycolysis become limited. The enzymes involved are isocitrate lyases 1 and 2 (ICL1/2), which allow the utilization of fatty acids as a sole carbon source [81,82]. (See "Immunology of tuberculosis".)

Factors associated with intracellular and in vivo fate of M. tuberculosis — In mice, M. tuberculosis can be observed inside alveolar macrophages and dendritic cells in the lungs about 14 days after aerosol infection [99]. M. tuberculosis enters these cells after binding to a variety of receptors on these cells, including C-type lectin receptors (mannose receptor, DC-SIGN), scavenger receptors, and complement receptors [100]. It is believed that the engagement of certain receptors can determine the intracellular fate of M. tuberculosis.

The cyclic di-nucleotides (CDNs) represent another group of PAMPs that serve as targets of the host cytoplasmic surveillance pathway [115,116]. Bacterial CDNs (cyclic di-AMP and cyclic-di-GMP) bind to stimulator of interferon genes (STING) and induce type I interferons (IFN-alpha/beta) which elicit autophagy, an innate immunity mechanism important for controlling intracellular infection [117,118]. M. tuberculosis produces cyclic-di-AMP from ATP or ADP [119]. M. tuberculosis that over-expresses cyclic di-AMP can activate the interferon regulatory factor pathway to generate increased amounts of IFN-beta, which leads to macrophage autophagy [120].

Once M. tuberculosis establishes an infection, an important pathogenic feature is the ability of the organism to establish latent infection, which can then give rise to reactivation disease. Since reactivation TB is the most common form of the disease, bacterial factors associated with latency and transition from latency to active disease are important virulence factors.

M. tuberculosis has a particular predilection for the lungs. In immunocompetent mice, virulent strains of M. tuberculosis grow progressively in the lungs but not in the spleen or liver [131]. Even in severe combined immunodeficient (SCID) mice, M. bovis BCG (a relatively avirulent [vaccine] strain) grows faster in the lungs than in other organs [132]. In the mouse model, fewer organisms are required to establish a lung lesion by the inhalation than by intravenous challenge [131]. None of the other pathogenic Mycobacterium species appears to share this tissue tropism. The factors associated with M. tuberculosis that facilitate this unique characteristic are unknown.

Metabolic factors associated with bacterial survival — An in vitro model has been developed that mimics the physiologic state of M. tuberculosis during latency in vivo [135]. When M. tuberculosis is grown under microaerophilic conditions, a state called nonreplicating, persistent (NRP1) is produced and glycine dehydrogenase activity is induced. In contrast, growth under anaerobic conditions produces a state called NRP2 in which glycine dehydrogenase activity decreases, but the organism still survives as long as the loss of oxygen occurred slowly and it passed through the NRP1 stage for a period of time. When oxygen is reintroduced to organisms grown anaerobically, the pathogen goes out of the NRP2 state. Such an in vitro system could potentially be used to examine differential gene expression and thus to identify bacterial factors specifically required under these growth conditions.

The above studies suggest that bacterial latency is associated with a hypoxic state in the host. Using a whole genome microarray, a large number of genes that are induced under defined hypoxic conditions were identified [142].

Differences in virulence of clinical isolates — Genotyping of M. tuberculosis isolates has demonstrated a number of clades that account for a large proportion of new TB cases in different geographic regions, suggesting that such strains may be more virulent than others. M. tuberculous lineages have been associated with clinical manifestations of disease. In one study, for example, East Asian lineage was less likely to be associated with extrapulmonary TB than Euro-American, Indo-Oceanic, or East-African Indian lineage [145]. Improved understanding of the role of MTB lineages may provide insights into pathogenicity, infectiousness, progression from infection to active disease, and, perhaps, response to treatment.

Another strain called PG004, responsible for a large cluster of TB cases in one northern California community, was not resistant to these effector molecules. Instead, in mice, this strain produced relatively mild lung disease, in which loosely organized granulomas apparently failed to limit the spread of infection and allowed the escape of M. tuberculosis into alveolar air spaces [63]. This study suggested that an M. tuberculosis strain that causes mild lung disease may allow individuals with subclinical disease to be under recognized in the community and therefore more time to spread infection in the population. Therefore, such strains would be overly represented in a community. This demonstrates that the predominance of an M. tuberculosis strain in a community is not necessarily a marker of enhanced pathogenicity (eg, transmissibility is not equivalent to virulence).

HOST FACTORS

Genetic susceptibility to infection — Genetic analysis of sibling pairs has been used to evaluate putative genetic markers for enhanced susceptibility to tuberculosis (TB) in populations in Africa [165]. Possible markers on chromosomes 15q and Xq were identified; the investigators speculate that finding a susceptibility gene on an X chromosome may partially explain the increased incidence of TB in males in some populations.

Acquired susceptibility to infection — Investigators examined the interferon (IFN)-gamma response pathway in three patients with severe, unexplained nontuberculous mycobacterial disease [169]. In all three patients, IFN-gamma was undetectable following stimulation of whole blood but was detectable when stimulated in the absence of the patients' own plasma. An autoantibody against IFN-gamma was isolated from the patients' plasma and was found to be capable of blocking the upregulation of tumor necrosis factor (TNF)-alpha production in response to endotoxin, in blocking induction of IFN-gamma–inducible genes, and in inhibiting upregulation of human leukocyte antigen (HLA) class II expression on peripheral blood mononuclear cells (PBMCs). These acquired defects in the IFN-gamma pathway may explain unusual susceptibilities to intracellular pathogens, including mycobacteria, in patients without underlying, genetically determined immunologic defects.

All of the host genes associated with TB susceptibility account for a tiny fraction of all TB cases identified in the world. The most important host factor that determines TB susceptibility to TB is HIV coinfection, followed by other immunosuppressive conditions, including cancer, diabetes, and immunosuppressive medications. Environmental factors, such as crowding, low socioeconomic status, poor access to healthcare, and family history, also contribute substantially to the incidence of TB worldwide, and these are important to understanding TB pathogenesis.

Définition Maladie infectieuse transmissible, due à Mycobacterium tuberculosis hominis, appelée bacille de Koch (BK). Il s'agit d’un bacille acido-alcoolo-résistant (BAAR), à multiplication intra- et extracellulaire, à croissance lente et dont le métabolisme est aérobie strict

Épidémiologie 10,4 millions de nouveaux cas par an de tuberculoses dans le monde, avec une incidence variant de moins de 10 nouveaux cas / 100,000 habitants (Europe occidentale et Amérique du Nord) à plus de 1000 cas / 100 000 habitants (Afrique subsaharienne). 6 ème cause de décès par maladie dans le monde et 3 ème cause de décès par maladie infectieuse chez l’adulte. En France, pays à faible incidence, près de 5000 cas ont été déclarés en 2015.

Etape 1 : Contamination du sujet par transmission aérienne à partir d’une personne présentant une tuberculose bacillifère :

• La contamination est due à l’inhalation d’« aérosols » de gouttelettes infectantes (contenant du BK) émises lors de la toux. Les gouttelettes, et donc quelques bacilles, atteignent les territoires alvéolaires (c’est le «foyer primaire»), entrainant la primo-infection tuberculeuse (PIT)
• Le risque de contamination à l’origine d’une PIT est ainsi proportionnel à l’intensité de la toux, la contagiosité du cas (BAAR à l’examen direct, cavernes) et à la durée d’exposition

Etape 2 : Le sujet développe une PIT le plus souvent asymptomatique responsable d’une infection tuberculeuse latente (ITL)

• Au niveau du « foyer primaire » : les bacilles sont phagocytés par les macrophages alvéolaires, et se multiplient dans les macrophages
• Les bacilles gagnent le ganglion hilaire satellite du foyer primaire
• Dans les semaines suivant la PIT, une réponse immune à médiation cellulaire se développe au niveau du foyer primaire et des foyers secondaires.
  • Permettant le plus souvent de limiter la multiplication du BK
  • Responsable au niveau du foyer primaire et des foyers secondaires d’un afflux de cellules monocytaires d’allure épithélioïde avec au centre une nécrose dite « caséeuse », ces lésions sont appelées granulomes giganto-cellulaires avec nécrose caséeuse et contiennent quelques bacilles quiescents
    
    
• L’ITL est par définition une PIT asymptomatique.
  
  
• Parfois la PIT est « patente ».
  Elle s’accompagne d’une altération de l'état général (AEG), d’un érythème noueux, d’une kérato-conjonctivite phlycténulaire, d’adénopathies cervicales.
  La radiographie du thorax peut alors montrer des adénopathies médiastinales avec ou sans lésion parenchymateuse correspondant au foyer primaire (chancre d’inoculation)

Etape 3 : développement de la TM

• A n’importe quel moment, pendant l’ITL ou après l’ITL, la multiplication des bacilles quiescents peut survenir à le patient devient symptomatique
  10% des patients qui font une PIT développent une TM le plus souvent au cours des 2 premières années suivant la contamination
  
  
• Le développement d’une TM est favorisé par :
  • l’immunodépression (infection VIH +++, tumeurs et hémopathies, traitements immunosuppresseursou anti-TNF)
  • les âges extrêmes
  • le diabète, l’insuffisance rénale, la malnutrition, l’alcoolisme/tabagisme
  • la précarité, la toxicomanie

Tuberculose pulmonaire commune = la forme la plus « CLASSIQUE » de TM

Physiopathologie : lésions formées à partir de(s) foyer(s) secondaire(s) et/ou primaire(s) avec fonte du caséum et formation d’une caverne fistulisée dans l’arbre bronchique

• Dissémination bronchogène au reste du poumon
  
  

Présentation clinique :

• Pas de symptôme spécifique
• Évolution sur plusieurs semaines à plusieurs mois, avec début insidieux
• Signes généraux :
  • AEG : asthénie, anorexie, amaigrissement
  • Fébricule à prédominance nocturne
  • Sueurs nocturnes
• Signes fonctionnels
  • Toux chronique ± expectorations
  • Hémoptysie : du simple crachat hémoptoïque à l’hémoptysie grave
  • Dyspnée, généralement tardive
• Signes physiques :
  • Généralement absents
  • Possible syndrome pleural (en cas de pleurésie tuberculeuse associée)

Miliaire tuberculeuse

• Il ne s'agit pas à proprement parler d'une forme pulmonaire de la TM mais bien d'une forme disséminée, généralisée, mise en évidence sur l'imagerie thoracique.
• Le poumon, ainsi que beaucoup d'autres organes peuvent être atteints, d'où la sévérité de cette forme de TM.

Physiopathologie :

• Dissémination hématogène
  • Lors de la phase de bacillémie initiale, ou par érosion vasculaire à partir d’un foyer de nécrose caséeuse

Clinique : AEG marquée, souvent fébrile, chez un patient parfois dyspnéique

Séquelles des formes pulmonaires de la TM :

• Possibilité de lésions séquellaires à type de :
  • Nodule calcifié
  • Lésions fibreuses rétractiles
  • Dilatations des bronches
  • Aspergillome : greffe d’aspergillus au sein d’une caverne résiduelle

Formes extra-pulmonaires de la TM Moins fréquentes, isolées dans 30% des cas. Pauci-bacillaires, diagnostic souvent anatomopathologique. Peuvent toucher tous les organes : ganglions, os, péricarde, appareil génito-urinaire, méninges

Les circonstances :

• Toujours penser à la tuberculose devant :
  • Des signes cliniques évoluant depuis plusieurs semaines à plusieurs mois
  • Des infiltrats, nodules, et/ou cavernes au niveau des lobes supérieurs
  • Un contexte évocateur :
    • notion d’un contage
    • contexte socio-économique
    • immigration
    • vie en communauté
    • immunosuppression et infection VIH…
      
      
  • La tuberculose est la grande trompeuse : elle peut simuler de multiples pathologies pulmonaires

Prélèvements

Les prélèvements respiratoires sont systématiques.
Toujours MULTIPLES et répétés.

• Tuberculose pulmonaire
  • Si le patient crache :
    • Recherche de BAAR dans l’expectoration ; attention +++ : sur un ECBC "standard", on ne fait pas de recherche de BAAR !
      
      
  • Si le patient ne crache pas :
    • Tubage gastrique le matin à jeun avant tout lever
      • Durant la nuit, les sécrétions sont avalées, les BAAR résistent à l’acidité de l’estomac car ils sont acido-résistants
      • Le prélèvement doit donc être réalisé avant la vidange gastrique, le matin à jeun avant le lever
        
  • En cas d’échec (3 prélèvements négatifs à l'examen direct) ou en cas de suspicion de miliaire tuberculeuse :
    • Fibroscopie bronchique avec aspiration, dans un territoire atteint d’après l’imagerie.
      
      
• Miliaire tuberculeuse :
  • Nécessité en plus des prélèvements respiratoires, d’hémocultures sur milieu spécifique des mycobactéries, d’ECBU adressé en mycobactériologie et éventuellement d’une myéloculture en cas de leuco-neutropénie.
    
    
• Tuberculose extra-pulmonaire :
  • Ganglionnaire : ponction ou biopsie-exérèse d’une adénopathie accessible
  • Neuro-méningée : ponction lombaire
  • Génito-urinaire : prélèvements des urines 3 jours de suite

Bactériologie

1 ère étape : examen direct

• Recherche de BAAR par la coloration de Ziehl Nielsen (en quelques heures).
  • Cette recherche n’est positive que pour des concentrations bacillaires supérieures à 10^3 bacilles/ml.
    La négativité de l’examen direct n’élimine pas le diagnostic.
    
    

2 ème étape : culture sur milieux enrichis

• Sur milieu solide (milieu de Löwenstein-Jensen, 3 à 4 semaines)
• Sur milieu liquide 10 à 15 jours environ (mais doit être ensuite reconfirmé par un examen direct)
  • En parallèle des 2 étapes précédentes :
    • Tout examen direct ou culture positif doit être complété dans les 72h par la réalisation d’un test génotypique pour :
      • Confirmer qu’il s’agit d’une mycobactérie du complexe tuberculosis (pathogène certain)
      • Rechercher la présence d’une mutation sur les gènes qui codent pour la résistance aux antituberculeux
        
        

3ème étape : antibiogramme (obligatoire)

• Consiste à mettre en culture les bacilles isolés, sur des milieux contenant différentes concentrations d’antibiotiques (méthode de référence)
• Systématique
• Si argument pour une résistance : souche transmise au Centre national de Référence des mycobactéries pour tester les antibiotiques de seconde ligne

Trois populations de bacilles selon leur sensibilité aux antibiotiques.

• Les bacilles extra-cellulaires (95% des bacilles)
  • Responsables de la contagiosité et de la symptomatologie
    • Isoniazide, Rifampicine et Streptomycine
      
• Les bacilles intracellulaires quiescents
  • Dans les macrophages
    • Pyrazinamide et Rifampicine
      
• Les bacilles extracellulaires au sein du caséum
  • Rsponsables du risque de rechute à distance
    • Rifampicine

Isoniazide, abréviation INH

• Effets secondaires :
  • Troubles digestifs (nausées)
  • Hépatite (de la simple élévation des transaminases à l’hépatite médicamenteuse sévère pouvant nécessiter l’arrêt du traitement)
    • Surveillance des transaminases
      
  • Polynévrites sensitivo-motrices en cas de carence en vitamine B6

Rifampicine, abréviation RMP

• Puissant inducteur enzymatique : attention aux interactions médicamenteuses, en particulier avec les anticoagulants oraux (surveillance INR), la pilule oestro-progestative (changer de mode de contraception), certains antirétroviraux (inhibiteurs de protéases), les corticoïdes, les digitaliques, …
  
  
• Effets secondaires :
  • Réactions immuno-allergiques
  • Attention : coloration en orange des larmes, du sperme, des urines… (prévenir le patient : il ne s'agit pas d'un effet secondaire mais d'un phénomène normal)

Ethambutol, abréviation EMB :

• Principal effet secondaire : névrite optique rétrobulbaire
  • Surtout en cas de posologie élevée administrée longtemps, d’éthylisme chronique ou d’insuffisance rénale

Pyrazinamide, abréviation PZA

• Contre-indiqué en cas d’insuffisance hépatocellulaire et d’insuffisance rénale
• Effets secondaires :
  • Cytolyse hépatique (plus tardif que l’INH, -> surveillance transaminases)
  • Hyperuricémie (généralement asymptomatique)

Streptomycine et amikacine (aminosides)

• Voie intraveineuse ou intramusculaire
• La dose cumulée ne doit pas dépasser 120 g.
• Plutôt utilisée en 2 ème intention
• Toxicité rénale et auditive

• Rifater ® : associe INH, PZA et RMP
  
• Rifinah ® : associe INH et RMP

Fluoroquinolones :

• Éviter de traiter une infection pulmonaire avec des fluoroquinolones en cas de suspicion de tuberculose (risque de négativer les prélèvements)
• À n’utiliser qu’en cas de tuberculose résistante documentée
• Autres antituberculeux à n’utiliser que sur avis d’expert : PAS, éthionamide, cyclosérine, capréomycine, etc ...

Principes :

• Temps de doublement long (20H), -> prise unique quotidienne
  
• Bacilles persistants dans les foyers tuberculeux -> traitement prolongé
  
• Absorption RMP diminuée par repas -> à jeun (30 min -1h avant repas ou 2 h après)
  
• Poly-antibiothérapie obligatoire :
  • Car risque d’émergence de mutants résistants en cas de « monothérapie »
  • Car nécessité d’assurer une action sur les 3 populations de BK
  • L’observance est capitale pour limiter le risque de rechute et le développement de souches résistantes.
    
    
• Rôle fondamental des Centres de Lutte Anti-Tuberculeuse (CLAT) dans la prise en charge, en plus de l’enquête autour du cas index.

Associations classiques

Schéma classique :

• Quadrithérapie par INH+RMP+EMB+PZA pendant 2 mois n suivie par une bithérapie INH+RMP pendant 4 mois
  
  

Schéma alternatif (moins utilisé, mais qui peut être proposé en cas de contre-indication au PZA) :

• Trithérapie par INH+RMP+ EMB pendant 3 mois n suivie d’une bithérapie par INH+RMP pendant 6 mois

Adapté aux résultats de l'antibiogramme dès réception (présence ou non de résistances avérées).

La durée de traitement recommandée, avec le schéma classique, est de 6 mois pour toutes les formes de tuberculose multi-sensible. Seule la tuberculose neuro-méningée doit être traitée de manière plus prolongée (9-12 mois).

Examens ou actes à effectuer avant l'instauration d'un traitement antituberculeux.

• Créatininémie, estimation du débit de filtration glomérulaire (DFG)
• Uricémie
• Transaminases
• Hémogramme
  
  
• Sérologie de dépistage VIH, à proposer systématiquement
• Antigène HBs, Ac anti HBs et Ac anti HBc et anti VHC à proposer systématiquement
  
  
• Examen ophtalmologique avec vision des couleurs et champ visuel : lors de la mise en route du traitement par EMB (mais peut être réalisé en différé car la mise en route du ttt est une urgence)

Surveillance : efficacité, tolérance, observance

• Clinique (J15, M1, M2, M4, M6, M9, M12), radiologique (M1, M2, M6, M12, M18 et 2 ans après la fin de traitement selon OMS) et bactériologique (J15, M1 (jusqu’à négativation), M2, M6)
  
  
• Biologique : bilan hépatique hebdomadaire le premier mois, puis rythme de surveillance, dépendant du terrain
  • Sensibiliser les patients aux signes fonctionnels d’insuffisance hépatocellulaire
  • En cas de transaminases élevées mais < 3N :
    • Surveillance rapprochée jusqu’à normalisation
      
  • En cas de transaminases élevées entre 3 et 6N:
    • Arrêt du PZA et poursuite d’une trithérapie INH+RMP+EMB (3 mois la trithérapie + 6 mois de bithérapie)
      
  • En cas de transaminases élevées supérieures à 6N :
    • Arrêt INH et PZA, possible essai de réintroductio de l’INH à demi dose avec réalisation de dosages sériques après normalisation des paramètres biologiques
    • Si signe de gravité ou cytolyse majeure arrêt de tous les antituberculeux, déclaration pharmaco-vigilance, avis spécialisé pour ajout d’antituberculeux de 2ème ligne
      
      
• Ophtalmologique: si traitement prolongé par EMB

Isolement respiratoire pendant la période de contagiosité

• Durée de l’isolement respiratoire :
  • Quand un patient est contagieux au moment du diagnostic d’une tuberculose, il est en général déjà contagieux depuis 3 mois et a donc potentiellement déjà contaminé son entourage proche
  • On considère en général qu’après 15 jours de traitement plein, on peut lever l’isolement respiratoire
  • La durée d'isolement respiratoire peut être prolongée, notamment en cas de tuberculose pulmonaire initialement très bacillifère, ou si présence d’enfants ou de personnes âgées au domicile

Les ITL à qui un traitement sera proposé :

• ITL récente (<2ans) : en pratique = ITL identifiées par le CLAT lors de l’enquête autour d’un cas
• ITL chez les moins de 15 ans : dépistage systématique chez le migrant
• ITL avant mise en place d’un traitement immunosuppresseurs (anti-TNFα, greffe…)
• ITL diagnostiquée lors de la découverte d’une séropositivité pour le VIH

Le risque d’infection après cette exposition dépend :

• De la contagiosité du cas index
  • • forte contagiosité : bacillifère (examen direct positif), cavités sur la radio
• De la période de contagiosité : les 3 mois avant le diagnostic
• Du degré de proximité, de confinement et de durée.
  • Contact étroit : partageant le même lieu fermé plusieurs heures par jour (famille, classe, bureau, cellule, etc.)
  • Contact régulier : partageant régulièrement le même lieu fermé (domicile, cantine, atelier, club de sport, etc.)
  • Contact occasionnel : partageant occasionnellement le même lieu fermé (dîner, etc.).

Le dépistage systématique ne concerne que les contacts étroits ou réguliers.

Aucun de ces tests ne distingue ITL de TM.

• Un examen clinique et une radiographie thoracique élimineront la TM.
  
  
• Intradermoréaction à la tuberculine (IDR) encore appelée réaction cutanée tuberculinique (RCT)
  • Mise en évidence d’une réaction cutanée après injection locale d’antigènes mycobactériens, témoin de l’acquisition d’une immunité à médiation cellulaire
  • Non spécifique de M. tuberculosis, réaction également avec les antigènes de M. bovis (donc avec le BCG) et avec les antigènes de certaines mycobactéries atypiques
  • Peut être négative (= anergie tuberculinique) notamment en cas d’immunodépression
    
  • Modalités de réalisation :
    • Injection en intradermiqu de 0,1 ml de tuberculine (Tubertest ® )
      
      
  • Modalités de lecture :
    • 72 heures après
    • Mesure de l’induration autour du point de ponction
    • Ne pas prendre en compte les dimensions de la réaction érythémateuse

Interprétation de l’IDR à la tuberculine:

• En fonction des antécédents (tuberculose, PIT, immunodépression, pathologie grave évolutive…), et de son statut vaccinal (BCG et résultats d’anciennes IDR)
• Interprétation difficile dans les 10 ans qui suivent la vaccination par le BCG
  
  
• IDR négative = diamètre < 5 mm
• IDR positive = diamètre ≥ 5 mm
• Suspicion d’ITL
  • Lorsque le diamètre est supérieur à 10 mm en l’absence de vaccination antérieure par le BCG
  • Lorsque le diamètre de l’induration a augmenté de plus de 10 mm entre deux IDR à 3 mois d’intervalle (= virage tuberculinique)

Les tests IGRA sont désormais pris en charge par l’Assurance Maladie pour :

• Enfants migrants de moins de 15 ans provenant d’une zone de forte endémie tuberculeuse
• Patients infectés par le VIH (dépistage systématique inclus dans le bilan initial d’un patient VIH)
• Avant la mise en route d’un traitement par anti-TNF
• Dans un contexte de prise en charge pluridisciplinaire, aide au diagnostic de tuberculose paucibacillaire en cas de diagnostic difficile chez l’enfant ou de tuberculose extra-pulmonaire.
  
  

La discussion clinico-biologique est indispensable chez les enfants de moins de 5 ans.

D’autres indications sont médicalement justifiées, mais ne sont pas prises en charge par l’Assurance Maladie :

• Personnel professionnellement exposé:
  • à l’embauche
  • enquête autour d’un cas d’un adulte de plus de 15 ans (on peut donc utiliser soit un test IGRA soit l'IDR dans cette situation)
  • Le résultat des tests IGRA est disponible dans les jours qui suivent le prélèvement.
  • Le test peut être rendu indéterminé, positif ou négatif. En pratique, ces tests ne sont pas utilisés pour diagnostiquer une tuberculose active mais, tout comme l'IDR uniquement pour diagnostiquer une ITL

Chimioprophylaxie primaire :

• Enfant < 2 ans ou tout sujet ayant une immunodépression sévère ayant été exposé à un sujet porteur d’une tuberculose pulmonaire, avant même le résultat des tests tuberculiniques
• En pratique, on élimine une TM et on traite sans attendre la preuve de l’ITL

Chimioprophylaxie secondaire (chez les patients les plus à risque de passer d’une ITL à une TM):

• ITL chez les sujets de moins de 15 ans
• ITL chez les sujets ≥15 ans
  • En cas de facteur de risque d’évolution rapide vers la TM.
    • Immunodépression
      
      
  • TL récente (< 2 ans), en pratique il s’agit des ITL dépistées lors de l’enquête autour d’un cas

Modalités de la chimioprophylaxie :

• INH en monothérapie pendant 6 mois (5 mg/kg/j)
• INH 4 à 5 mg/kg/j + RMP 10 mg/kg/j pendant 3 à 4 mois
• Mêmes précautions et surveillance que lors du traitement d’une TM
• Ne pas oublier la déclaration obligatoire de toute ITL d’un enfant de moins de 15 ans

VACCINATION

Objectifs :

• Limiter le risque de tuberculose neuro-méningée, de miliaire tuberculeuse ou de tuberculose pulmonaire
• L’immunité conférée par la vaccination s'atténue en 10 à 15 ans

Indications :

• N’est plus obligatoire pour les enfants et les adolescents
• Demeure obligatoire dans la loi malgré des recommandations contraires du Haut Comité de la Santé Publique pour les professionnels et étudiants des carrières sanitaires et sociales
• Fortement recommandée pour enfants âgés de moins de 15 ans (dès 1 mois) qui présentent un facteur de risque lié à leur environnement ou leurs proches/ entourage :
  • Vivant en Guyane ou à Mayotte
  • En lien étroit avec une zone de forte endémie
    • Nés dans un pays de forte endémie
    • Ayant au moins un des parents originaires d’un de ces pays
    • Devant y séjourner de façon prolongée
      
  • Antécédents familiaux de tuberculose ou vivant dans des conditions sociales très défavorisées

Contre-indications à la vaccination BCG :

• Infection VIH : enfant infecté par le VIH ou né d’une mère infectée par le VIH
• Déficits immunitaires congénitaux ou acquis
• Traitements immunosuppresseurs
• Dermatoses étendues évolutives

Grossesse

• INH : pas de tératogénicité pour INH, RMP et EMB
• INH : supplémenter la mère en vitamine B6.
• RMP : Risque d’hémorragie maternelle et néonatale précoce en cas de prescription au dernier trimestre, justifiant la prescription de vitamine K1.
• PZA : pas de tératogénicité connue, mais toujours déconseillé en France en 2017, contrairement à la plupart des pays du monde.

Allaitement non conseillé.

En pratique :

• Trithérapie INH+RMP+EMB en France

Insuffisance rénale L'INH sera donnée à des doses tenant compte des résultats du test d'acétylation

En fonction de la clairance de la créatinine :

− > 30 mL/min : traitement standard

− à adapter au-delà

Insuffisance hépatique Le traitement standard peut être débuté jusqu'à un taux de transaminases < à 3N

Immunodéprimés :

• La tuberculose est
  • Extra-pulmonaire dans plus de la moitié des cas
  • Disséminée dans près d’un quart des cas
  • Diagnostiquée tardivement
  • Parfois associée à d’autres infections
    
• Plus l’immunodépression est profonde, moins les symptômes sont prononcés : penser à la tuberculose devant une fièvre prolongée